In zijn algemeenheid heerst er de gedachte dat in de wetenschap bovennatuurlijke verklaringen geen plaats mogen hebben. Natuurlijke verschijnselen mogen alleen worden verklaard uit natuurlijke oorzaak-gevolg relaties. Deze zienswijze noemt men methodologisch naturalisme. Deze visie is niet alleen wijd verspreid onder seculiere evolutionisten maar ook onder theïstische evolutionisten. Deze zienswijze maakt dat men visies zoals het creationisme of Intelligent Design niet accepteert, omdat men bang is niet meer wetenschappelijk te zijn als men accepteert dat God (of een ander intelligent wezen) in de aardhistorie direct kan hebben ingegrepen en als bovennatuurlijke oorzaak grote invloed op natuurlijke verschijnselen kan hebben gehad.
Metafysisch naturalisme lijkt op het eerste gezicht heel logisch. Veel mensen denken dat het methodologisch naturalisme (MN) geen uitspraak over God doet en dus metafysisch neutraal is. MN leidt niet tot ontologisch naturalisme, de overtuiging dat er geen God is, denkt men dan. Prof. Gijsbert van den Brink is deze mening bijvoorbeeld toegedaan. Zo schrijft hij in een artikel in Metascience 2019:
Methodological naturalism should not be conflated with metaphysical naturalism, since clearly it is a non sequitur to conclude from the maxim that God “should be kept out of science” to the view that God does not exist, or cannot act.
Bij iets meer nadenken wordt duidelijk dat men weliswaar geen uitspraak doet over het bestaan van God maar wel degelijk over het handelen van God, als men in principe uitsluit dat direct Goddelijk handelen in onze historie een rol kan hebben gespeeld. Je ziet dat terug komen in het zorgvuldig geformuleerde afleidingsmanoeuvre van Gijsbert van den Brink. Hij stelt dat MN niet inhoudt dat God niet kan handelen. Let op het gebruik van het woordje ‘cannot’, in plaats van het woordje ‘doesn’t’. Echter, volgens de auteurs van een artikel in Journal for General Philosophy of Science is de situatie met MN veel ernstiger.
In 2019 verscheen in het tijdschrift een artikel getiteld Should Methodological Naturalists Commit to Metaphysical Naturalism? De auteurs Zahra Zargar, Ebrahim Azadegan en Lotfollah Nabavi zijn verbonden aan de faculteit Filosofie van de universiteit van Teheran. De titel van het artikel stelt de vraag of methodologisch naturalisten (MN) zich moeten committeren aan metafysisch naturalisme. De conclusie van de auteurs is onverbloemd ja. Niet omdat MN bewijst dat God niet bestaat maar omdat men redelijkerwijs alleen tot het MN kan komen als men vooraf gelooft dat God niet bestaat. Het conclusie van hun artikel laat zich als volgt lezen:
Ons doel was om te bewijzen dat toewijding aan MN de aanname van metafysisch naturalisme noodzakelijk maakt. De belangrijkste claim van MN is dat bovennatuurlijke entiteiten geen onderdeel mogen zijn van een wetenschappelijke verklaring. We zagen dat er een consensus bestaat onder filosofen over het belang van de rol van oorzakelijke factoren bij de verklaring van gebeurtenissen. MN sluit het bovennatuurlijke categorisch uit van verklaringen. Volgens het naturalisme kunnen bovennatuurlijke entiteiten dus geen enkele causale rol spelen in de natuurlijke wereld; anders zou het niet redelijk zijn om ze volledig uit te sluiten. Deze conclusie werd uitgedrukt door een sterke versie van het causale sluitingsprincipe. Volgens dit principe kunnen bovennatuurlijke entiteiten geen causale rol spelen in de natuurlijke wereld, noch in een ketting in de causale geschiedenis van fysieke gebeurtenissen, noch als onderdeel van een noodzakelijke voorwaarde op welk niveau en op welk moment dan ook. MN impliceert een volledig gesloten wereldbeeld. MN impliceert evidentialisme. Het evidentialisme houdt in dat we verplicht zijn alleen die overtuigingen te hebben waar we empirisch bewijs voor hebben. Tegelijkertijd isoleert MN bovennatuurlijke entiteiten causaal van de natuurlijke wereld waardoor het onmogelijk is dat er ooit empirisch bewijs voor bovennatuurlijke entiteiten wordt geleverd. Als gevolg hiervan moet iemand die MN accepteert het bovennatuurlijke ontkennen en zich inzetten voor metafysisch naturalisme. Wij (de auteurs in het Journal for General Philosophy of Science) hebben aangetoond dat er een diepe conceptuele relatie bestaat tussen MN en ontologisch (ofwel metafysisch) naturalisme. Methodologisch naturalisme is zonder acceptatie van metafysisch naturalisme geen geloofwaardige methodologie.
