Recent las ik een stuk van Tjarko Evenboer waarin hij aangaf het christelijk geloof vaarwel te hebben gezegd. Hij is een bekend illustrator en schrijver van boeken. Hij had zich verdiept in scheppingsverhalen in verschillende culturen en daar een leuk boek over geschreven. Nu is hij helaas van standpunt veranderd. Een van zijn goede opmerkingen was: Je moet je verdiepen in de sterkste punten van je tegenstander. Daar heeft hij gelijk in. Niet om die punten dan zo maar over te nemen, maar om te analyseren of dat inderdaad sterke punten zijn.

Nu denkt men binnen de evolutietheorie dat gedupliceerde genen nieuwe functies krijgen en dat dit de motor is voor innovatie. Nu dacht ik: als er gekeken wordt naar compleet gedupliceerde genomen, waarbij dus alle chromosomen gedupliceerd zijn, dan kunnen we daar toch verwachten dat genen nieuwe functies hebben gekregen en dat innovatie zou hebben plaatsgevonden. Men zegt binnen de evolutietheorie ook dat dit zo is, bijvoorbeeld bij het veronderstelde ontstaan van de vertebraten en van de bedektzadigen, een grote plantengroep. Nu lijkt het zo te zijn dat de Afrikaanse klauwkikker een dubbel genoom heeft die afkomstig is van twee verschillende, maar verwante, soorten. Het chromosoom van deze kikker is bestudeerd en het blijkt dat na duplicatie massief destructie van genen plaats vindt waarbij een deel (Short) sneller degradeert dan een ander deel (Long). Grofweg de helft ging of in het ene of in het andere deel van het genoom kapot. Dit proces gaat nog door. Verreweg de meeste genen hebben als ze aanwezig zijn in het L-deel en in het S-deel in beide delen een vergelijkbare expressiepatroon in bijvoorbeeld het gastrulastadium, als de transcriptierepressie is opgeheven. Een kleiner deel van de overgebleven genen heeft een ander expressie patroon. Er is geen indicatie dat gedupliceerde genen de beroemde motor van innovatie zouden kunnen zijn waardoor de mens kon evolueren uit een zakpijp.

Ik heb hierover een blijmoedig stukje voor Logos Instituut geschreven.1 De reactie van een van de auteurs van het artikel was echter iets minder blijmoedig. Een hagelbui aan Twitter-berichten volgde waarvan ik een aantal in een tweede artikel heb beantwoord en waarvan ik nu de tweede helft in een derde artikel langsloop.2

“Logos Instituut bewijst zichzelf geen dienst door slechte stukken te plaatsen. Veel daarvan is zo misleidend dat het je tijd en moeite niet waard is om je mee bezig te houden. In een recent stuk neemt pseudoniem-creationist “Eppie” ondergetekende anoniem op de korrel. Het stuk over genoomduplicatie is slecht geschreven, doet de wetenschappelijke resultaten geen recht, en legt één van de co-auteurs (ondergetekende) dingen in de mond die niet waar zijn Suggestief en misleidend. #fail Jammer dat Logos Instituut boeiende biologie niet op waarde kan schatten, want het is echt fascinerend wat er in hybride organismen gebeurt #wonderfullbiology Zie hier een press release van het Xenopus genome consortium over het onderwerp (2016). Nederlandstalig stukje René Fransen Nederlands Dagblad 2016 (betaalmuur). Zie verder Willy van Strien Bionieuws 2016. Onze papers van het Xenopus genoom en wat er gebeurt bij hybridisatie (2016-2018): Session et al. Nature 2016: Erlurbe et al. Genome Biology 2017: Gibeault et al. Nature 2018:”

Het is wel duidelijk. De auteur is boos. Een merkwaardige situatie. Eppie is enthousiast over zijn artikel uit Nature, en de auteur is ontstemd over dit enthousiasme. Hij denkt dat Logos Instituut boeiende biologie niet op waarde kan schatten. Logos Instituut, of tenminste de auteur van het oorspronkelijke artikel, vond het artikel over massale gendestructie van het Xenopus laevis genoom echter wel degelijk boeiend en schatte die op waarde. De bespreking van het artikel was positief. De belangrijke resultaten van het artikel werden gewoon overgenomen. Het betreft inderdaad wonderlijke biologie, al vind ik persoonlijk bijvoorbeeld ontwikkelingsbiologie nog veel interessanter en wonderlijker.

Mijn eerste artikel zou suggestief en misleidend zijn. Dat is niet zo bedoeld, maar kan zo zijn ervaren. Ik ervaar de evolutietheorie als misleidend. Omdat Logos Instituut daar de vinger bij legt, draag ik Logos Instituut een warm hart toe. De evolutietheorie weet integere intelligente wetenschappers en zelfs christenen te verleiden dit atheïstisch denkschema te omarmen. Ik denk dat dat schadelijk is. Schadelijk voor het christelijk geloof, schadelijk voor de wetenschap en schadelijk voor de samenleving. Om die reden schrijf ik stukjes om te laten zien, waar de evolutionist geen been heeft om op te staan. Als de twitteraar inderdaad mijn artikel als misleidend heeft ervaren, dan geeft dat aan dat er een behoorlijk diep onderling misverstaan. Dat is jammer.

“Eppie had blijkbaar een functional genomics screen verwacht in het artikel. Tja. Op een paar punten wil ik nog reageren: 1. Genexpressie is uitermate belangrijk voor genfunktie en ook voor evolutie. Dit blijkt uit tal van studies. Een bekend voorbeeld zijn de snavels van de befaamde Darwinvinken. Genexpressie doet er toe, want het bepaalt wanneer en waar het gen zijn funktie uitoefent. Ik spel deze open deur maar even uit, want dat punt was blijkbaar nog niet geland. Dit is inderdaad exact het scenario dat je bij genoomduplicatie verwacht Bioloog Eppie verwachtte echter “vleugels, bladgroenkorrels”. Een kleine suggestie: Kijk niet naar kikkers maar naar insecten, vogels of vleermuizen voor vleugels, en naar planten voor bladgroenkorrels. Het idee alleen al, dat grote veranderingen in bouwplan bijna elk moment gebeuren, zodra een gelegenheid zich voordoet is naïef en getuigt van weinig biologisch inzicht. Grote (en minder grote) veranderingen doen zich vooral voor in de context van een nieuwe ecologische niche. Bij hybridisatie is ‘hybrid vigor’ relevant: Het hybride organisme heeft andere eigenschappen dan de oorspronkelijke oudersoorten (denk bijv. aan muildier). Saillant detail: De ‘L’ en ‘S’ oudersoorten zijn uitgestorven terwijl X. laevis uiterst succesvol is.”

Hier beantwoord ik een paar onderdelen in detail:

Genexpressie en de regulatie daarvan is inderdaad uitermate belangrijk voor genfunctie en evolutie. Genexpressie doet er dus toe. Zonder genexpressie geen leven. Zonder veranderende genexpressie geen leven. Genexpressie varieert in de loop van de ontwikkeling van een organisme. De genexpressie varieert per celtype. De genexpressie varieert in de loop van de dag. De genexpressie varieert met de cyclus van de vrouw. De genexpressie verschilt tussen de twee individuen van een eeneiige tweeling. Als de twitteraar stelt dat veranderende genexpressie een bewijs is voor de evolutietheorie, dan is dat een denkfout. Zijn argument is vergelijkbaar met de volgende stelling: om te kunnen autorijden moet ik kunnen zien. Ik kan zien dus ik kan autorijden. De twitteraar maakt geen onderscheid tussen een noodzakelijke voorwaarde en een voldoende voorwaarde. Als je X. tropicalis en X. laevis levend of op een foto ziet, dan zie je hoe weinig de genoomduplicatie en veranderde genexpressie heeft geleid tot een verandering in uiterlijke kenmerken. En die snavels van Darwinvinken… er is discussie over of het wel verschillende soorten zijn. Een mens is geen zakpijp met een veranderde genexpressie.

Een volgende opmerking is: “Het idee alleen al, dat grote veranderingen in bouwplan bijna elk moment gebeuren, zodra een gelegenheid zich voordoet is naïef en getuigt van weinig biologisch inzicht. Grote (en minder grote) veranderingen doen zich vooral voor in de context van een nieuwe ecologische niche.” Ik had zo’n reactie voorzien en daarom had ik in mijn artikel het volgende opgemerkt: “Vanzelfsprekend kan hier vanuit evolutionistische hoek weer op geantwoord worden, dat er bij Xenopus in tegenstelling tot bij walvissen geen selectiedruk was om tot grote veranderingen te komen. Het genomische basismateriaal was er wel, maar de noodzaak tot verandering was er niet.” De opmerking van de twitteraar gaat echter verder. Hij poneert de speculatieve gedachte dat in een nieuwe ecologische niche zich grote veranderingen in bouwplan voordoen als een wetenschappelijk feit. Hij introduceert hier teleologie in de wetenschap.

Tenslotte nog even wat opmerkingen over hybrid vigor. Het heterosis effect is het effect dat een kruising van twee inteeltstammen vitaler is dan de beide ouders. Dit effect is kortstondig. De F1 heeft dit effect, maar dit effect dooft in enkele generaties uit. Een vergelijkbaar effect kan optreden bij kruising van twee verwante soorten, al hebben die per definitie gewoonlijk geen vruchtbare nakomelingen. De situatie bij Xenopus is totaal anders. Hierbij treedt ook hybridisatie op maar zijn blijvend twee genomen aanwezig. Echter is dit zo met een extreme bottle neck. Ik neem aan dat niet gedacht wordt dat een complete populatie tetraploïd is geworden. Dat roept interessante vragen op! Dan heb je dus één vader L gehad en één moeder S en één nakomeling met L en S. Of was het moeder L en vader S? Wat was nou de vader en wat de moeder? L of S? Dat moet makkelijk te achterhalen zijn. Maar die eerste tetraploïde Xenopus, wat was zijn/haar geslacht? Hoe ging hij/zij zich vermenigvuldigen? Overigens merkwaardig: De geslachtschromosomen van X. laevis zijn verschillend van die van X. tropicalis. X. tropicalis heeft meer geslachtschromosomen dan X. laevis. Maar nog wonderlijker, X. borealis is het neefje van X. laevis, is afstammeling van dezelfde tetraploïdisatie en deze Xenopus heeft ook andere geslachtschromosomen dan X. laevis en dan X. tropicalis. Ik denk dat vergelijking van het genoom van X. laevis en X. borealis tot leuke nieuwe inzichten zou kunnen leiden m.b.t. het effect van hybridisatie en genverlies. Heeft X. borealis ook een L en een S genoom? Zie je parallellen in de genen die gecrasht zijn? In genen die verandering van expressie vertonen? Interessant!

Hieronder staat het volgende commentaar van de twitteraar.

“Eppie eindigt de column heel raar: “Een christen-wetenschapper is naar mijn stellige overtuiging vooraleerst een christen en als christen pas wetenschapper.” Eppie mag dat vinden, maar ik zie niet in hoe dit relevant is. Eppie heeft met zo veel woorden toegegeven dat je inderdaad genexpressieveranderingen verwacht bij hybridisatie, en betwist blijkbaar ook niet de conclusie dat X. laevis als soort zo ontstaan is. Als we het daar over eens zijn, blijft er van de oorspronkelijke column van Eppie eigenlijk niet zo veel over. Des te vreemder is dan het punt dat christen-zijn en wetenschapsbeoefening (“naturalistische interpretatie”) op gespannen voet zouden staan. Het is een valse tegenstelling. Als christen wil ik recht doen, trouw betrachten en nederig de weg gaan van onze God (Micha 6). Daar hoort voor mij ook bij om recht doen aan wat we weten over hoe deze wereld – Gods wereld – in elkaar zit. Dat is heel principieel. Als bioloog kan ik dan niet om evolutie heen.”

Het verbaast me dat de twitteraar de relevantie niet inziet van hoe men in de wetenschap staat. Wetenschap is geen neutraal terrein. De uitgangspunten van waaruit men wetenschap bedrijft bepalen mede de uitkomsten ervan. Dit speelt vooral in zaken die een sterke wisselwerking hebben met ons wereldbeeld en voor zaken die we niet rechtstreeks uit observaties kunnen afleiden. Als men als christen naar de veronderstelde historie van de aardbol kijkt, heeft men een ander vertrekpunt dan als men als atheïst naar de veronderstelde historie van diezelfde aardbol kijkt. Bij een christelijk hart hoort een christelijk verstand.

In mijn enthousiasme over het Nature artikel heb ik het aspect van miljoenen jaren even genegeerd. Je kunt niet op alle slakken zout leggen. Ik vind de data in het artikel overtuigend voor de gedachte dat X. laevis een tetraploïde soort is die ontstaan is uit hybridisatie van twee verwante diploïde soorten en die vervolgens in sterke mate genoomdegeneratie vertoont. Ik val voor die gedachte. Echter, ik denk dat ik met betrekking tot het Nature-artikel toch wel een noot te kraken heb. Ten eerste: de veranderingen in het L en S genoom worden beschreven waarbij het X. tropicalis genoom de referentie is. Eén referentie is weinig. Deze referentie is ook nog eens van een species die wordt verondersteld 48 Ma geleden van de X. laevis lijn te zijn afgesplitst. In die veronderstelde 48 Ma zijn niet alleen de genomen van de voorouders van X. laevis en van X. laevis zelf veranderd, maar ook het genoom van X. tropicalis. Je referentie is dus mobiel. Als er genen zijn die in X. laevis expressie vertonen en in X. tropicalis niet, dan betekent dat niet per definitie neofunctionalisatie bij X. laevis, maar kan het ook functieverlies bij X. tropicalis betekenen.

Mijn tweede opmerking is fundamenteler. Ik heb bij wetenschappelijke congressen en tijdens workshops niet één maal, niet twee maal, niet drie maal, maar veel vaker van wetenschappers die zich bezig hielden met fylogenetische analyses te horen gekregen dat deze niet betrouwbaar waren en dat datering eigenlijk niet mogelijk is. Het is niet waar, dat op grond van DNA van nu levende organismen is vast te stellen op welk moment welke clade zich waar van afsplitste. Zie het nu zelfs bij Covid-19. Men kan de evolutie op de voet volgen, maar men durft nog geen jaar terug te gaan en met stelligheid te beweren waar het virus langer geleden vandaan kwam en van afstamde. En we beschikken inmiddels over meer dan 5000 complete genomen. Zie het ook bij bijvoorbeeld het hepatitis B- virus of bij de verwekker van de pest, de bestudering van ancient DNA (gepeuterd uit tanden van mensen die lang geleden aan de ziekte stierven) gooit compleet de fylogenie op basis van alleen recent DNA overhoop (Eske Willerslev, een zeer boeiend spreker). Daarnaast, bestudeert men fylogenieën op basis van DNA van verschillende oudheden, dan komt men contradicties tegen, waaruit blijkt dat de geconstrueerde fylogenie weliswaar het beste fitte maar toch niet juist kan zijn. Tenslotte, bij het rekenen en analyseren van grote genomen, zijn diehard data jongens met specifieke software pakketten aan het stoeien. Bij de analyse worden impliciet en expliciet veel keuzes gemaakt die de uiteindelijke uitkomst van het model bepalen. Natuurlijk worden modellen uitgebreid getest en is het de bedoeling dat belangrijke keuzes verantwoord worden, maar veel keuzes kennen geen goede rechtvaardigingsgrond en die zijn toch een bron van onzekerheid. Al met al denk ik dat de betrouwbaarheid van de dateringen in het Nature-artikel ongeveer nul is.

De twitteraar schrijft dat ik geloof en wetenschap tegenover elkaar stel. Hij zegt dat dit een valse tegenstelling is. Het is inderdaad een onterechte tegenstelling en ik stel wetenschap en geloof ook niet tegenover elkaar. Ik stel wetenschap en de evolutietheorie tegenover elkaar. Wetenschap en christelijk geloof staan aan dezelfde kant van de lijn. Ze hebben hetzelfde fundament: Gods betrouwbare openbaring. Evolutietheorie en naturalisme staan aan de andere kant van de lijn. Die hebben niets te maken met recht doen, trouw betrachten en nederig de weg gaan van onze God.

Voetnoten

  1. https://logos.nl/xenopus-laevis-lezen-wat-er-niet-staat/.
  2. Zie hier voor het tweede artikel: https://logos.nl/de-evolutie-van-het-xenopus-laevis-genoom-een-reactie-op-een-betrokken-twitteraar/.

LEUK ARTIKEL?
Bent u blij met dit artikel? Het onderhoud en de ontwikkeling van deze website vragen financiële offers. Zou u ons willen steunen met een maandelijkse bijdrage? Dat kan door ons donatieformulier in te vullen of een bijdrage over te schrijven naar NL53 INGB000 7655373 t.n.v. Logos Instituut. Logos Instituut is een ANBI-stichting en dat wil zeggen dat uw gift fiscaal aftrekbaar is.

Written by

Recent las ik een stuk van Tjarko Evenboer waarin hij aangaf het christelijk geloof vaarwel te hebben gezegd. Hij is een bekend illustrator en schrijver van boeken. Hij had zich verdiept in scheppingsverhalen in verschillende culturen en daar een leuk boek over geschreven. Nu is hij helaas van standpunt veranderd.

...
Read more