Slechts een klein deel van het DNA, bij mensen rond 5%, bevat de code voor eiwitten. De overblijvende 95 % kon men geen bepaalde functie toewijzen en voorbarig noemde men het “Junk DNA” (Junk = afval). Tot voor kort zag men in dit Junk DNA een bevestiging van de evolutietheorie: dergelijk “evolutionair afval” zou als bijproduct van een door toeval gestuurde evolutie te verwachten zijn. Nu blijkt echter, dat grote delen van dit junk DNA beslist wel bepaalde functies vervullen.

dna-1388696_1280

In de afgelopen jaren werd erover gediscussieerd, of junk DNA daadwerkelijk overbodig is. Intussen blijkt steeds meer, dat niet-coderende onderdelen van het DNA een belangrijke rol spelen bij de regulering van de genactiviteit en de celdeling. Ook heeft men aanwijzingen gevonden, dat het niet coderende DNA bij de antivirale immunologische strategie in het organisme een rol zou kunnen spelen en, ondanks haar eenvoudige opbouw, een deel van het immunologisch afweersysteem vormt.1 Bovendien heeft men ontdekt, dat sommige onderdelen van het Junk DNA al gedurende de vroege embryonale ontwikkeling invloed hebben op het samenspel van genen.2

Dit voorbeeld staat niet op zich. Niet weinig constructies bij levende wezens werden eerst als “onzinnig” of “rudimentair” beschouwd, voordat men bij verder onderzoek hun feitelijke genialiteit ontdekte. Tegenwoordig heerst onder evolutieonderzoekers in het algemeen de mening, dat de natuurlijke selectie deze schijnbaar overbodige DNA allang zou moeten hebben verwijderd, als zij toch geen functie zou hebben.3 De tegenwoordig bekende functies van het junk DNA ontkrachten de vaak geuite bedenking, dat het aardse leven niet van een intelligente Schepper zou kunnen afstammen.

Voetnoten

  1. John Woodmorappe, The potential immunological function of pseudogenes and other “junk” DNA, Technical Journal 17/3, 2003, blz. 102-108.
  2. Gill Bejerano, “Junk”DNA Now Looks Like Powerful Regulator, ScienceDaily, 24. April 2007.
  3. Markus Rammerstorfer, Nur eine Illusion?, Tectum-Verlag, 2006, blz. 82.

LEUK ARTIKEL?
Bent u blij met dit artikel? Het onderhoud en de ontwikkeling van deze website vragen financiële offers. Zou u ons willen steunen met een maandelijkse bijdrage? Dat kan door ons donatieformulier in te vullen of een bijdrage over te schrijven naar NL53 INGB000 7655373 t.n.v. Logos Instituut. Logos Instituut is een ANBI-stichting en dat wil zeggen dat uw gift fiscaal aftrekbaar is.

95 Stellingen

Written by

Weliswaar zijn sinds de eerste uitgave van Charles Darwins boek "Het ontstaan van soorten" op 24 november 1859 ontelbare feiten bekend geworden, die heel duidelijk tegen de evolutietheorie spreken, maar het geloof in evolutie, oerknal en een vele miljoenen jaren oude aarde heeft zich diep in het bewustzijn van de moderne maatschappij ingenesteld. Hierbij heeft deze wereldbeschouwing langzamerhand een fundamentalistisch karakter aangenomen. In geen ander gebied van de wetenschap worden kritische stemmen zo onzakelijk en heftig aangevallen als op dit gebied van onderzoek. Wie twijfelt, wordt uit het debat over de oorsprongsvragen uitgesloten en niet zelden bestreden. De eigenwijsheid van de leidende disciplines in wetenschap, onderwijs en media doet denken aan de koppigheid, waarmee de Rooms Katholieke kerk in de Middeleeuwen haar toenmalige wereldbeeld verdedigd heeft. Op 31 oktober 1517 heeft de hervormer Maarten Luther 95 stellingen gepubliceerd, waarmee hij de toenmaals wijdverbreide aflaatpraktijk ter discussie stelde. Deze bemoeienis heeft een kettingreactie veroorzaakt, die uiteindelijk tot de Reformatie leidde. Op gelijke wijze moeten de hier aanwezige 95 stellingen tot een verandering van denken in het oorsprongsdebat bijdragen. Met deze publicatie willen wij ons ervoor inzetten, dat in de discussie over de oorsprong van de mensheid, het aardse leven en de kosmos een open omgang met wetenschappelijke gegevens, interpretaties en wereldbeschouwelijke stellingnamen* mogelijk wordt.

42 Comments

peter b

HUGO en ENCODE tonen dat slechts 1,2% van het genoom codeert voor ongeveer 25 duizend eiwit-coderende genen, die ongeveer 250 duizend verschillenden eiwitten voortbrengen door regulatie en modificatie. Er zijn natuurlijk veel meer genen. Er zijn minstens net zo veel niet voor eiwitten coderende RNA genen (sncRNA), er zijn vele tRNA en rRNA genen en er zijn duizenden en nog eens duizenden lon-non-coding RNAs. Samen ongeveer 5% van het genoom. De regulatorie sequenties maken nog eens 15-20% van het genoom. De variatie inducerende genetische elementen nog eens 45%. De rest (25-30%) heeft een strukturele en genoom-stabiliserende functie bleek onlangs uit nieuw onderzoek aan repterende sequenties. Er blijft vrijwel geen junk DNA over. Junk is voor junkies.

Reply
Peter

De hoeveelheid DNA per cel verschilt erg tussen soorten: zie http://www.genomesize.com/statistics.php voor figuur (naar beneden scrollen, DNA in picogram) Er is geen verband tussen hoeveelheid DNA en complexiteit.
Als we bij de gewervelde dieren naar het aantal basepaar in het DNA kijken, is het grootste genoom 130 000 000 000 basepaar (130Gb) groot, bij de Afrikaanse longvis Protopterus aethiopicus en het kleinste genoom 385 000 000 basepaar (390Mb) bij de kogelvis Tetraodon nigroviridis. Dat is meer dan een factor 300 verschil. Het aantal genen dat voor eiwitten codeert verschilt niet, er zijn bij de gewervelde dieren 20000 tot 25000 genen.

Het werkelijk coderende deel, dus de exonen van die 20000 genen, beslaat bij mensen 1.3% van de 3,3 miljard basepaar. Dat is omstreeks 43 miljoen basepaar. Bij elke soort gewerveld beest blijft er dan nog veel DNA over.
Wat is er verder? Introns in een gen, promotersequences vooraan een gen, polyA achter een gen, pseudogenen: totaal in verband met eiwit-coderende genen 5% van het totaal bij mensen. Dan zijn er genen voor functioneel RNA. Bijvoorbeel 10000 genen voor long non-coding RNA van misschien elk 500 bp, samen 5 miljoen basepaar. En 10000 mobiele elementen met functie, elk 300 bp of zo, samen 3 miljoen basepaar. Dergelijke DNAdelen die overgeschreven worden van DNA naar regulerend RNA raken steeds verder bekend, maar zijn geen groot deel van het totale DNA. Drie miljoen basepaar is nog geen tiende % van het geheel. Zo zijn er nog wat stukjes DNA met functie. In totaal is het percentage DNA bij mensen waarvoor een functie bekend is omstreeks 8%.

Wat is de rest? Veel herhalingen als CAGCAGCAG en andere, samen 8%. Ook zijn er niet-functionele restanten van oude transposons. Verrommelde stukjes DNA vormen samen meer dan de helft van het menselijke DNA. Dat heet junk DNA. De hoeveelheid hangt dus af van de soort, met relatief weinig junk DNA in de kogelvis en heel veel junk DNA in de longvis.

Reply
peter b

Peter, je beschrijft het genoom van eukaryoten als dat van een bacterie. [Heb je] ooit gehoord van epigenetica? Van genoomstabilisatie? Van variatie-inducerende genetische elementen? Van chromosoom-condensatie? Van Meiose of Mitose? Je betoog [lijkt op die] van een bacterioloog die het genoom van een olifant probeert te snappen. Dat is ook niet verwonderlijk want vrijwel alle boeken over genetica baseren nog steeds op de kennis opgedaan in microben. Zelf houd ik me al 20 jaar bezig met het menselijke genoom en hoe genen daar aan en uitgezet worden. De genetica van de mens is niet te vergelijken met die van een bacterie. Natuurlijk kun je genomen stroomlijnen, want er hebben talrijke duplicaties plaatsgehad, maar de essentie is per genoom verschillend. Als je alle sequenties zou verwijderen die volgens jou geen functie hebben (junk DNA, repeterende sequenties, LINEs, SINEs, ERVs, etc.), dan krijg je een organisme dat niet meer variatie kan induceren en zich aanpassen, specieren. Voor een goed begrip van de biologie, lees mijn boek.

Hetty, (…) je kunt functieloosheid per definitie nooit wetenschappelijk bewijzen. Functieloosheid is een net als een non-existentie. Beide kun je niet aantonen. De TalkOrigins is overigens sinds 2004 niet meer bijgewerkt en [daarmee] als bron van kennis m.b.t. de Oorsprong hopeloos verouderd. In 2004 dachten velen, en dan met name de Darwinsten, nog steeds dat er zoiets bestond als junk DNA. De experimenten van de afgelopen tien jaar hebben getoond dat er vrijwel geen junk DNA bestaat. De ENCODE van 2012 zijn er heel duidelijk over: there is almost no junk in the DNA.

Reply
Peter

De ‘80% functioneel DNA’ van ENCODE is inmiddels afgeserveerd: er is te veel ruis in DNA transcriptie naar RNA om daar iets zinnigs van te maken. Met Kellis et al, 2014. ‘Defining functional DNA elements in the human genome.’ PNAS 111:6131-6138 hebben de ENCODE hypers geprobeerd hun gezicht te redden, maar die 80% functioneel is wel van tafel verdwenen. Kellis et al (2014) willen weliswaar nog steeds niet toegeven dat ‘functioneel’ in de biologie niet hetzelfde is als ‘biochemisch’, maar ze hebben dan ook een lange terugtocht te maken. Zie ook de brief van Brunet en Doolittle , 2014. ‘Getting “function” right’, PNAS 111: e3365. Wat Peter B. in ieder geval [zou] moet[en] lezen is: Rands et al (2014) ‘8.2% of the Human Genome Is Constrained: Variation in Rates of Turnover across Functional Element Classes in the Human Lineage.’ PLoS Genet 10(7): e1004525 http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004525. Dit artikel geeft een goede weergave van het dynamische genoom. Voor een goed begrip van de biologie heeft Peter B. deze artikelen zeker nodig.

Peter

Peter B en Peter hebben het over hetzelfde DNA. De ‘variatie inducerende genetische elementen‘ die Peter B op 45% van het genoom zet en de ‘niet-functionele restanten van oude transposons. Verrommelde stukjes DNA’ met meer dan de helft van het menselijke DNA volgens mij, zijn dezelfde. Die ‘variatie inducerende genetische elementen’ zijn namelijk resten van transposons etc, en niet actief. Bovendien is volgens Peter B ‘variatie induceren’ kennelijk een functie van fossiele transposons – in plaats van een onbedoeld gevolg van verspringende actieve transposons. Actieve transposons horen niet in die 45%. De kogelvis heeft het kleinste genoom dat bekend is voor een gewerveld beest, met 385 miljoen basepaar. Dat is dus genoeg voor een gewervelde. Alle DNA dat boven 385 miljoen uitgaat kan veilig als overbodig (dus junk) beschouwd worden.

Reply
peter b

Peter, er verschillende soorten non-coding DNA. De belangrijkste zijn LINE-families en ERV families. De LINEs en SINES worden niet gezien als overblijfselen van virusen, ze lijken er niet eens op, maar echte transposons. Ze zijn wel degelijk functioneel. Ze spelen ze een belangrijke rol in genoomstabilisatie: http://genome.cshlp.org/content/early/2016/08/10/gr.206706.116

Tevens condenseren LINEs het genoom door de formatie van triplex RNA-DNA strengen (eigen onderzoek, onder review, Nucleic Acid Research) tijdens epigenetische processen, zoals dosage compensation.

De link van Peter hierboven is geschreven vanuit de idee dat men de juiste theorie kent (darwinistisch selectionisme):
“However, the biochemically active regions cover a much larger fraction of the genome than do evolutionarily conserved regions, raising the question of whether nonconserved but biochemically active regions are truly functional.”

De data zijn dus niet in overeenstemming met de theorie. De theorie is dus fout en niet andersom. De data tonen dat evolutionisme door selectie fout is en dat evolutionaire conservering een bedenksel is. Het toont dat verschillende organismen zijn uitgerust met verschillende unieke genetische elementen. Deze data tonen zonder meer dat de theorie onjuist is (lees mijn boek voor meer bewijsvoering). Ze tonen dat selectie niet de oorsprong van deze informatie is en niet kan zijn. Het grootste deel van het genoom is niet selecteerbaar. Dat geldt zowel voor eiwitcoderend DNA, als voor niet-voor-eiwitten-coderend DNA. Daarmee is het selectionisme -en dus Darwinisme- weerlegd. Het genoom is vol handige informatie die men in verschillende niches kan aanwenden, maar in anderer niches niet bruikbaar. Use it or lose it. Het genoom zelf toont ons dat de genomen werden volgeladen met functionele DNA sequenties. Deze niet-selecteerbare informatie bewijst frontloading en daarmee schepping.

Peter

“Het grootste deel van het genoom is niet selecteerbaar”

Daarmee is het junk.

‘Use it or lose it.’

Dan is front-loading niet mogelijk, want dan moet het DNA onveranderd bewaard blijven zonder dat het gebruikt wordt.

Eppie

Elke nutteloze nucleotide is ballast die de fitheid van het individu aantast. Het is biologisch gezien erg bijzonder om te veronderstellen dat er veel junk DNA is, of het nu vanuit creationistisch of evolutionair standpunt bezien is.

Reply
Peter

@Eppie,
Zou het fitness effect van 1 herhaling meer in CAGCAGCAG…CAGCAGCAG kunnen opgeven? Zou je de populatiegrootte die nodig is om te selecteren tegen 1 herhaling meer in CAGCAGCAG…CAGCAGCAG kunnen opgeven?

“Het is biologisch gezien erg bijzonder om te veronderstellen dat er veel junk DNA is, of het nu vanuit creationistisch of evolutionair standpunt bezien is.”

Nee, dat is het niet. De hoeveelheid junkDNA die mogelijk is hangt samen met de populatiegrootte. Zie: Michael Lynch, 2007. The Origins of Genome Architecture https://www.amazon.com/Origins-Genome-Architecture-Michael-Lynch/dp/0878934847/ref=asap_bc?ie=UTF8

Reply
peter b

Ik zei: “Het grootste deel van het genoom is niet selecteerbaar”

Peter zegt daarop: “Daarmee is het junk.”

Peter’s gedachtengang is echter [onjuist] en stamt vanuit selectionistisch (en dus darwinistisch) denken. Het grootste deel van de eiwitcoderende genen heeft geen directe selecteerbare functie, blijkt uit duizenden knockout experimenten: de no-phenotype knockouts. Je kunt de genomen van vrijwel alle organismen stroomlijnen door het essentiele deel waarop selectie werkt te bepalen door de genen een voor een te verwijderen. E coli heeft dan slechts 303 selecteerbare genen als de andere (meer dan 4000) ook aanwezig zijn. Een deelverklaring is dat er heel veel backupsystemen zijn (verschillende genen voor dezelfde functie), en dat deze genen werken in redundante netwerken, waarbij meerdere wegen naar hetzelfde doel leiden en vele genen dus misbaar zijn. Zulke genen kun je niet verklaren met darwinistische selectie, want er staat geen selectiedruk op afzonderlijke genen. Er staat selectiedruk op netwerken van samenwerkende genetische systemen. Niet op de genen zelf. Dat is en blijft de grote verrassing van de 21e eeuw. Het bewijst schepping van “frontloaded baranomes”.

Ik zei: ‘Use it or lose it.’

Peter zegt dan: “Dan is front-loading niet mogelijk, want dan moet het DNA onveranderd bewaard blijven zonder dat het gebruikt wordt”.

Frontloading is wel degelijk mogelijk, want het genoom stabiliseert zichzelf door reparatie en anti-devolutiemechanismen. Zodra die verloren gaan heb je kanker en groeien de cellen zichzelf dood (of storten de organismen waar ze onderdeel van uitmaken in het verderf). Verder mag een baranoom heel veel redundante genetische informatie gewoon kwijtraken: het is redundant en er staat geen selectiedruk op. De inhoud van een genoom wordt bepaald door de omgeving: Use it or lose it. De biologie bewijst het. Voor voorbeelden uit de echte biologie kun je mijn boek TndO raadplegen. Het is actueler dan ooit.

Reply
Peter

Geen enkele aangehaalde evidentie. [In Peters] boek (…) staat ook niet hoe frontloading werkt. (…)

Peter

@Eppie
Googlen op ‘human genome size variation’ geeft als tweede, met meer dan 3500 citaties: Redon et al, 2006. Global variation in copy number in the human genome. Nature 444: 444-454 Daaruit blijkt dat er veel variatie in genoomgrootte bij mensen is, zonder dat het iets uitmaakt. Een ander artikel met hetzelfde resultaat: Conrad et al 2010. Origins and functional impact of copy number variation in the human genome. Nature 464: 704-712

Die artikelen laten zien dat er grote variatie in aantal basepaar bij mensen is. Een paar duizend basepaar meer of minder is totaal onbelangrijk. Er is geen enkele selectie op genoomgrootte. Het idee dat selectie greep zou kunnen krijgen op een basepaar meer of minder is uit de lucht gegrepen.

Reply
Eppie

Beste Peter, dit is een reactie op je bijdrage van 26 sept. Je redenatie [doet denken aan] de bekende grap bij het pompstation: Hoeveel kost een druppel benzine? Niets? Oh, druppel dan de tank maar vol. De fitness cost is voor een klein stukje DNA zeer klein en valt weg in de ruis. Als het nutteloze DNA echter het grootste deel van het genoom omvat, is het een ander verhaal.

Met betrekking tot je tweede reactie: Je geeft aan dat er een relatie is tussen populatiegrootte en omvang van junk DNA. Dat is een interessant idee. Populatiegrootte is van zo veel factoren afhankelijk en kan ook dramatisch variëren met de tijd. Heb je hiervoor ook een verwijzing naar een artikel in plaats van naar een boek? Lynch heeft genoeg artikelen geschreven. Ik zie in de literatuur wel dat er wel een relatie is tussen genome size en celvolume (positief) en stofwisselingsniveau (negatief) (Cell size as a link between noncoding DNA and metabolic rate scaling, J. Kozłowski, M. Konarzewski, and A. T. Gawelczyk, PNAS 2003). Voor de auteurs van dit artikel is het een reden om te twijfelen aan de term junk DNA. De een-na-laatste zin van het artikel luidt: Instead, the links between DNA amount, nucleus size, cell metabolism, and whole body metabolism should be studied more carefully, and it must be rethought whether noncoding DNA is really ‘‘junk’’ and ‘‘parasitic.’’

Peter

Eppie laat “Elke nutteloze nucleotide is ballast die de fitheid van het individu aantast.” dus vallen[?] “Als het nutteloze DNA echter het grootste deel van het genoom omvat, is het een ander verhaal”

Daarom is de vergelijking tussen de genoomgrootte van longvis en kogelvis relevant. Bij de longvis gaat het om zoveel herhaling etc dat het genoom van de longvis niet zinnig te sequencen valt. Het zijn de vergelijkingen in genoomgrootte die om te beginnen tot het idee junkDNA hebben geleid, en die gegevens blijven onwrikbaar staan.

Wat populatiegrootte en selectie betreft, genetic drift overtroeft selectie zodra Ns<1, waarbij N de locale populatiegrootte is en s de selectiecoëfficient. Er zijn drie genotypen in de populatie, met fitness 1, 1 en 1-s. Het betekent dat per generatie minstens 1 beest moet sterven voor selectie of 1 beest minder geboren moet worden. Bij de longvis kom je daarom nauwelijks selectie tegen en overheerst genetic drift. Bij CAGCAG…CAG krijg je met recombinatie allerlei stringlengtes, daar kun je eindeloos mee doorgaan.

Het idee dat Kozlowski et al verdedigen is bekend en ook al ouder dan 2003. Het is een volledig evolutionair idee, en is in directe tegenspraak met de stelling. Bij een verband tussen celdelingsnelheid, genoomgrootte en metabolische snelheid gaat het om DNA bulk, die functioneel gezien junk is. Het is de meest zinnige verklaring voor verschillen in genoomgrootte, maar geen dwingende. Het gaat er namelijk vanuit dat het aantal beginpunten voor de deling van DNA hetzelfde is ongeacht genoomgrootte. Bovendien heb je de moeilijkheid dat selectie op celgrootte of metabolische snelheid maar heel indirect zou werken op genoomgrootte; of selectie zou gebruik moeten maken van iets dat begonnen is door genetic drift. Voor verdere bespreking zie wat Kozlowski et al aanhalen als referentie 2.

[@Peter B.:] Nog steeds geen uitleg over hoe frontloading werkt.

peter b

Frontloading is de toestand van het genoom van een geschapen schepsel; een baranoom noemde ik dat in mijn boek. De wetenschap vereist niet dat we moeten definieren hoe dat baranoom eruitzag op T=0, want dat kan niet. We weten echter dat het meer info bevatte dan de afzonderlijke genomen die we tegenwoordig hebben. Wetenschap vereist slechts dat we de data die we hic et nunc (hier en nu) waarnemen kunnen verklaren. Met frontloading en de baranoomhypothese kunnen we dat, met Darwin’s hypothesen kunnen we dat niet.

(…) Je kunt grote delen van de genomische informatie onder bepaalde omstandigheden missen omdat er toch geen selectiedruk op staat. Zo zijn alle primaten die veel vitamine C tot zich namen het GULO gen verloren. Zo zijn aziatische mensengroepen het ADH gen verloren omdat ze toch nooit alcohol tot zich namen. Zo zijn hele volksstammen de stringente promoter van het lactase gen verloren zodat ze ook op volwassen leeftijd melk konden blijven drinken. Dat gebeurde zelfs twee maal onafhankelijk in Europa en in Afrika. Het evolutieverhaal is een verhaal van het verloren gaan van en het verschillend tot expressie brengen van gefrontloaded information.

Reply
Ed Vaessen

Peter B.: “Frontloading is de toestand van het genoom van een geschapen schepsel; een baranoom noemde ik dat in mijn boek.”

Hoe reageert de wetenschap op jouw boek? Citeert men eruit? Word je uitgenodigd om het toe te lichten?

[Noot van de redactie: Beste Ed, je hebt deze vraag al wel tien keer gesteld. We laten hem nog een keer door en dan niet meer. We vallen anders wel een beetje in herhaling]

Reply
Peter

[@Peter B.]

Zou Peter B de vraag [van Ed Vaessen over zijn boek] ook kunnen beantwoorden? (…)

@Eppie
Wat die benzine betreft, het gaat inderdaad per druppel. Fitnessverschillenen selectie werken met de aanwezige genetische variatie, en die is niet 130 000 000 000 basepaar versus 385 000 000 basepaar binnen een populatie. De aanwezige variatie is een paar duizend basepaar, zie mijn voorbeeld over mensen, en dat gaat er op door. Of je nu CAG 23 of 24 keer achter elkaar hebt, of 421 Alu’s of 425 Alu’s maakt geen verschil. Dus, met genetic drift verzamel je druppels baseparen (of niet natuurlijk), zonder enige selectie. Met genoeg druppels krijg je wel een tank vol. Zie wat Jente onder stelling 1 van de 95 schreef over een hoopje zand en de Sorites paradox. https://evolutieverhalen.wordpress.com/2016/07/28/het-verschil-tussen-micro-evolutie-en-macro-evolutie-filosoferen-over-een-hoopje-zand/

peter b

Peter: “Of je nu CAG 23 of 24 keer achter elkaar hebt, of 421 Alu’s of 425 Alu’s maakt geen verschil. ”

[Als je de] boeken van genetica Lynn H Caporale [leest], [daarin kunnen we lezen] dat wat je beweert niet klopt. Het verschil is een verschil m.b.t. variatie in genexpressieregulatie van genetische netwerken. Zonder deze variatie-inducerende genetische elementen zouden organismen niet kunnen varieren, adapteren, speciëren. Ze zouden het genoom niet kunnen condenseren, geen euchromatine kunnen vormen, geen meiose en geen mitose. Dat blijkt heel duidelijk uit experimentele bevindingen in ontwikkelende embryos: als men de activiteit L1 elementen blokkeert, dan kan het embryo zich niet ontwikkelen. Daarmee is de junk DNA hypothese weerlegd.

Ed, omdat je er steeds opnieuw over begint: Mijn boek is zeer goed ontvangen, behalve natuurlijk door de oude (…) garde (Neo)Darwinisten en [andere] bio-atheisten. Het werd positief besproken in het tijdschrift voor biologiestudenten, ontdekte ik onlangs. En de meeste collegae vinden de ideeen die ik erin poneer enorm sterk. De artikelen die ik eruit destileerde worden regelmatig geciteerd. Het is mijn eigen onderzoeksgebied en ik heb er al van verschillende kanten onderzoeksaanbiedingen gekregen. Een heb ik maar kunnen accepteren. Ja, nieuwe ideeen zijn welkom in de echte science wereld.

Hetty, ik heb dit onderwerp uitgebreid in mijn boek behandeld. Ik ga er hier niet meer over discussiëren, maar het feit wil dat niet meer dan 10% van de genen van organismen selecteerbaar zijn. Dat komt omdat ze functioneren in redundante netwerken en niet in lineaire systemen, zoals de Darwinisten denken in hun “selfish” gene-centered modellen. Deze modellen kloppen niet en dienen te worden vervangen door genetische netwerk-modellen. Maar ik denk niet dat dat ooit gaat gebeuren, want creatie is de enige mogelijkheid om zulke informatienetwerken te begrijpen.

De hoeveelheid DNA zegt niks over evolutie of complexiteit, Hetty. Meer of minder in alleen maar van belang in de context van de genetische informatie. De context mag/moet zelfs veranderen, en er zijn vele mechanismen voor beschreven, om variatie te veroorzaken. Alle info om variatie te induceren, om te adapteren en om nieuwe soorten te vormen is al in het genoom aanwezig, schreef ik in TndO. Lees dat boek (…).

Peter

Lynn Caporale? (…)

@PB “(Mijn boek) positief besproken in het tijdschrift voor biologiestudenten”
Welk tijdschrift voor biologiestudenten? Naam tijdschrift, jaargang, jaar bladzijde? (…)

“En de meeste collegae vinden de ideeen die ik erin poneer enorm sterk”

Spreken die collegae Nederlands? Of zou Peter B het hebben over [de] ideeën die hij in zijn boek (…) heeft weergegeven?

“De artikelen die ik eruit destileerde worden regelmatig geciteerd”

Ik kom via Web of Science op 23 artikelen vanaf 2004 met in totaal 330 aanhalingen zonder zelfcitatie; één artikel uit 2004 heeft 168 citaties. Dat geeft 162 citaties voor de overige 22. (..) Peter B geeft geen uitleg hoe frontloading werkt.

Eppie

Dag Peter, als je het zo wenst te interpreteren, dan vind ik dat prima. Ik heb nog wel een paar vragen en opmerkingen:

1) Je hebt het over gegevens die onwrikbaar blijven staan. Ik neem aan dat je daarmee de grootte van het genoom bedoelt. Ja. Ik denk dat dat wel betrouwbare informatie is.
2) Je argumentatie met betrekking tot selectie en genetic drift volg ik niet helemaal. Op welke wijze volgt hieruit dat de longvis een groot rommel genoom heeft? Heb je een s en een effectieve populatiegrootte van de longvis gedurende een flink aantal generaties?
3) Ik kom in de literatuur informatie tegen over TE’s die zich in grote hoeveelheden in het genoom van de longvis bevinden. (Evolution of the Australian Lungfish (Neoceratodus forsteri) Genome: A Major Role for CR1 and L2 LINE Elements, Metcalfe 2012). Dat is een ander beeld dan dat het genoom van de longvis voornamelijk uit cag cag cag SSR’s zou bestaan.
4) Met het bestuderen van de longvis, kan het zijn dat we een outlier bekijken die dus geen beeld geeft van de mechanismen in andere soorten (Maar het is wel interessant).

Reply
Peter

Ik gaf CAG als voorbeeld, niet noodzakeliljkerwijs voor de longvis. Metcalfe et al 2012 zeggen in abstract: “However, on the basis of the most likely sources of error, we suggest that this very large genome is not largely composed of recently amplified, undetected TEs but may instead include a large component of older degenerate TEs.” ‘Older degeerate TE’ is klassieke junk.

Eppie

Dag Peter, genetic drift verzamelt niet, dat is het verschil met selectie. Een kleine reactie op Jente’s Sorites paradox. Ze geeft zelf een definitie van het onderscheid tussen micro- en macro-evolutie en gaat dan bewijzen dat die definitie niet correct is. Zoals Jente bewezen heeft zijn micro- en macro-evolutie niet twee concepten op een continue schaal van evolutionaire verandering. Waarvoor dank, maar eigenlijk wisten we dat ook wel.

Peter

Eppie, [heb je wel eens van] ongelijke crossovers gehoord? Daarmee krijg je variatie in de hoeveelheid junk. Met genetic drift kun je de ene kant op of de andere, maar je kunt best junk verzamelen door toeval alleen, of ook verminderen door toeval alleen. Bij genetic drift is de kans dat er niets verandert kleiner dan de kans dat er wel iets verandert. Ik zal Jente eens vragen of hij het met je eens is over de Sorites paradox. Wie [bedoel je met] ‘ze’?

Eppie

Beste Peter, we zijn in een discussie beland m.b.t. genetic drift etc. en dat is prima maar ik heb het idee heb dat ik niet veel anders gezegd heb dan de zin die Lynch in 2015 in PNAS gebruikte om het abstract te openen: An enduring mystery of evolutionary genomics concerns the mechanisms responsible for lineage-specific expansions of genome size in eukaryotes, especially in multicellular species.

Peter

Nee, Eppie heeft niet hetzelfde gezegd als Lynch. Zoals zo vaak in abstracts wordt in de eerste zin van dat abstract een vals probleem of een op te lossen probleem aangeboden. Dus, lees het hele abstract, met tegen het eind: “Moreover, these costs (van DNA per gen) are usually sufficiently large to be perceived by natural selection in bacterial populations, but not in eukaryotes experiencing high levels of random genetic drift. Thus, for scaling reasons that are not yet understood, by virtue of their large size alone, eukaryotic cells are subject to a broader set of opportunities for the colonization of novel genes manifesting weakly advantageous or even transiently disadvantageous phenotypic effects”

Trouwens, in het stukje ‘significance’ van dat artikel staat: ”These results eliminate the need to invoke an energetics barrier to genome complexity” Dat is in directe tegenspraak met wat Eppie op september 24th, 2016 schreef: “Elke nutteloze nucleotide is ballast die de fitheid van het individu aantast. Het is biologisch gezien erg bijzonder om te veronderstellen dat er veel junk DNA is, of het nu vanuit creationistisch of evolutionair standpunt bezien is.”

Eppie

Beste Peter, Lynch geeft niet aan dat ze het mysterie opgelost hebben. Integendeel: “not yet understood”. De energetics cost slaat op de noodzaak voor de incorporatie van een mitochondrion. Daar hebben we het nooit over gehad. Met Lynch blijf ik het bijzonder vinden.

Daarnaast, Peter, je stelt: “Met genetic drift kun je de ene kant op of de andere, maar je kunt best junk verzamelen door toeval alleen, of ook verminderen door toeval alleen.” Dat kan, maar slechts met mate. Het is toeval, bij het volgende event gaat het de andere kant op. Daarmee kun je dus niet verklaren dat zoveel soorten zoveel nutteloos DNA zouden hebben. Tenslotte zouden alle soorten ook nog een kleine effectieve populatiegrootte moeten hebben, te klein om effectief selectie plaats te doen vinden. Je stelde ook: “Bij genetic drift is de kans dat er niets verandert kleiner dan de kans dat er wel iets verandert.” Genetic drift is die verandering zelf dus de kans is 1. Maar die verandering is richtingloos.

Peter

Eppie zegt:
“Tenslotte zouden alle soorten ook nog een kleine effectieve populatiegrootte moeten hebben, te klein om effectief selectie plaats te doen vinden.”

Een basepaar of 3 meer is een fitnessvermindering op efficientie die infinitesimaal is. Je hebt locale populaties van miljarden individuen nodig om selectie belangrijker te zijn dan drift.

“Je stelde ook: “Bij genetic drift is de kans dat er niets verandert kleiner dan de kans dat er wel iets verandert.” Genetic drift is die verandering zelf dus de kans is 1. Maar die verandering is richtingloos.”

(…) Een allelfrequentie kan lager worden, hoger worden of gelijk blijven onder genetic drift, per generatie. De kans dat de allelfrequentie gelijk blijft is kleiner dan de kans op verandering = (hoger + lager). Voorbeeld: met twee allelen met allelfrequenties 0,8 voor allel a en en 0,2 voor allel A in een populatie van 1000 diploide individuen. De volgende generatie heeft weer 1000 individuen. De kans dat de allelfrequenties die volgende generate precies 0,8 en 0,2 zijn is 0.022296674. Op den duur zal een van de allelen overblijven, A met kans 0,2 en a met kans 0,8, gerekend vanaf deze generatie.

Het zou meer aan een discussie bijdragen als Peter B. argumenten gaf en [niet steeds] verwij[st] naar zijn boek.

Hetty Dolman

@ Peter B,
“Hetty, (…) je kunt functieloosheid per definitie nooit wetenschappelijk bewijzen. Functieloosheid is een net als een non-existentie. Beide kun je niet aantonen.”

Dat lijkt mij sterk. Als je iets kunt weghalen uit een organisme zonder het enig effect heeft voor dat organisme lijkt me dat het ‘iets’ geen functie heeft. Mij lijkt eerder dat een functie aangetoond zou moeten worden als men er anders over denkt.

“De TalkOrigins is overigens sinds 2004 niet meer bijgewerkt en [daarmee] als bron van kennis m.b.t. de Oorsprong hopeloos verouderd”

Als de kogelvis in 2004 veel meer DNA had dan z’n naaste familieleden, zal dat nog wel zo zijn. Niet alle info verouderd hoor. Evolutiebioloog T. Ryan Gregory heeft de ‘onion test’ bedacht voor iedereen die meent dat al het niet-coderend DNA een functie heeft: “Can I explain why an onion needs about five times more non-coding DNA for this function than a human?” [Zie:] http://korthof.blogspot.nl/2011/04/de-creationistische-visie-op-junk-dna.html

Reply
Jente

“Zoals Jente bewezen heeft zijn micro- en macro-evolutie niet twee concepten op een continue schaal van evolutionaire verandering”

Dan heb je mijn blog toch niet goed gelezen, Eppie. Ik schrijf dat het wél een continue schaal is. Extreme voorbeelden, zoals genetische veranderingen binnen een populatie (microevolutie) of het fossiele bestand van paarden (macroevolutie) passen perfect bij de definities die ik geef. Daartussen zijn er heel wat gevallen die moeilijk zijn onder te brengen in micro- of macroevolutie. Een grijs gebied.

Reply
peter b

Jente, er is bio-informatisch gezien geen continue schaal. Dat micro vanzelf tot macro leidt is een Darwinstische aanname gebaseerd op foutieve vooronderstellingen mbt de biologie. Micro-evolutie kunnen we eenvoudig begrijpen als een muterende reeds aanwezige DNA-informatie, terwijl macroevolutie nieuwe nieuwe DNA informatie nodig heeft. Keer op keer wordt [dit] aangetoond, zelfs in de Lenski experimenten, dat nieuwe informatie onbereikbaar is voor microevolutionaire processen. (…)

Eppie

Beste Jente. Ik heb het deel gelezen waar Peter naar verwees. Verder komt de link niet. Maar goed. Zelfs al zou macro-evolutie een extrapolatie zijn van micro-evolutie en zou het een glijdende schaal zijn, zelfs dan is het een ongeldige vergelijking om een simpel additief proces als het toevoegen of verwijderen van een zandkorreltje te vergelijken met het proces van evolutie. Vrijwel geen enkel proces in de biologie is puur lineair en al zeker de voorgestelde processen voor evolutie niet. Bij wetenschappelijke experimenten ben je er van bewust dat je met extrapolatie heel erg moet oppassen. Bij bepalingen krijg je direct commentaar van derden als je conclusies wilt verbinden aan geëxtrapoleerde punten van een lijn die niet binnen het meetbereik van je model liggen, zelfs als de data zeer lineair en consistent zijn binnen het gemeten gebied. Macro-evolutie is een extrapolatie met een factor miljoen, of zoiets, van een proces (micro-evolutie) dat van uiterst veel factoren afhankelijk is met onderling legio interacties en is geen serieuze wetenschap.

Ed Vaessen

“Tegenwoordig heerst onder evolutieonderzoekers in het algemeen de mening, dat de natuurlijke selectie deze schijnbaar overbodige DNA allang zou moeten hebben verwijderd, als zij toch geen functie zou hebben.”

Er wordt hier gerefereerd aan ‘Markus Rammerstorfer, Nur eine Illusion?, Tectum-Verlag, 2006, blz. 82.’ [Mijn] vraag is ook wie precies ‘Markus Rammerstorfer’ is. Dat zou ik graag eens bevestigd zien. Heeft de heer Markus Rammerstorfer op bladzijde 82 getallen over de aantallen wetenschappers die heden ten dage menen dat de natuurlijke selectie het schijnbaar overbodige DNA allang zou moeten hebben verwijderd?

“John Woodmorappe, The potential immunological function of pseudogenes and other “junk” DNA, Technical Journal 17/3, 2003, blz. 102-108.”

Wie is John Woodmorappe?

Reply
Ed Vaessen

Eppie: “Bij wetenschappelijke experimenten ben je er van bewust dat je met extrapolatie heel erg moet oppassen.”

Toch doet iemand als Barry Setterfield niets anders bij zijn stelling dat het licht vroeger veel sneller reisde. Hij deed dat op basis van metingen die niet verder teruggaan dan enkele honderden jaren. (…)

Peter B.:
“Frontloading is de toestand van het genoom van een geschapen schepsel; een baranoom noemde ik dat in mijn boek.”

Beste Peter Borger. Je boek wordt niet serieus genomen in de wetenschap, je kunt je eigen vakgenoten niet overtuigen. Als het wel zo was, dan had[ik] dat allang [ge]zien. Dan werd het geciteerd als een bron van objectieve informatie. (…) Waarom is [dat] zo?

Reply
peter b

Ed, het kost een beetje tijd. Het is binnen de wetenschap altijd zo, dat een nieuw idee heel langzaam grond wint. Mijn “fout” was, dat mijn boek bij een christelijke uitgever verscheen. Het boek wordt dan bij voorbaat afgedaan als pseudowetenschap. De Darwinsten (atheisten) hebben het voorelkaar gekregen dat hun geloof als wetenschap werd aanvaard, omdat men wetenschap definieerde als naturalistische filosofie, en Darwin(isten) er foutief van uitgaan dat er een externe, naturalische kracht voor nodig is om genomen te laten evolueren. Maar die kracht is intern (het genoom zelf) en selectie speelt dan vrijwel geen rol. Dat is wat wij, moleculair biologen, hebben ontdekt. Het duidt op creatie.

peter b

(…) Darwinistische filosofen gaan elke serieuze wetenschappelijke kritiek al 150 jaar uit de weg. Hoe de biologie wel in elkaar steekt leest u in TndO.

Reply
Ed Vaessen

Peter B.: “(…) Darwinistische filosofen gaan elke serieuze wetenschappelijke kritiek al 150 jaar uit de weg.”

Dat zou de wetenschap toch moeten opvallen. Daar zijn toch geen domme mensen werkzaam. Vraagje: zijn er volgens jou nog meer wetenschappelijke disciplines die de discussie uit de weg zouden gaan? Ik meen me iets te herinneren van een brochure over een nieuwe hoofdstuk in evolutie die onder meer van jouw hand is en waarin ook astrofysica en geologie het ook moeten ontgelden.

Peter B.: “De Darwinsten (atheisten) hebben (..) duidt op creatie.”

Je schrijft ‘wij, moleculaire biologen’. Ik hoor graag de mening van vakgenoten op dit punt.

Reply
Peter

Ed vaessen, onder ‘Homeotische genen’ geef ik een belangrijk citaat uit dat boek van Peter B.

Reply
Ed Vaessen

Peter B.:
“De Darwinsten (atheisten) hebben het voorelkaar gekregen dat hun geloof als wetenschap werd aanvaard, omdat men wetenschap definieerde als naturalistische filosofie,”

Terecht gebruikt de wetenschap het methodisch naturalisme. Het is de sleutel geweest tot het succes van de wetenschap. Men kan beter epilepsie behandelen met medicijnen in plaats van een duiveluitdrijver erbij te halen.

Peter B.
“Ed, het kost een beetje tijd. Het is binnen de wetenschap altijd zo, dat een nieuw idee heel langzaam grond wint.”

Jouw idee is niet nieuw, daarom overtuigt het [mij] niet.

Reply

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

 tekens over