Volgens de theorie zou macro-evolutie optreden door een toevallige reeks van mutaties, die in de betreffende omgeving van het levende wezen selectievoordeel geven. In 2005 heeft de bioloog Jerry Bergman met zijn team in bijna 19 miljoen publicaties naar gunstige mutaties doorzocht. Van de 453.732 beschreven mutaties konden slechts 186 als gunstig ingedeeld worden. Echter bij geen van deze mutaties vond men een toename van genen voor nieuwe en ook functionerende proteïnen.

DNA.pixabay

In de conventionele biologie gaat men ervan uit, dat het aantal verschillende soorten, die ooit op aarde leefden, ongeveer 2 x 1014 (200 biljoen) bedraagt. Om een nieuwe soort te doen ontstaan, zijn volgens aanhangers van de evolutie naar schatting duizend tussenvormen nodig. Dus zouden er naar evolutietheoretische zienswijze tot heden ca. 2 x 1017 tussenvormen op de aarde geleefd hebben. Om van de ene tussenvorm naar de volgende te gaan zijn er, naar men zegt, opnieuw naar schatting duizend voordelige mutaties nodig. Dat betekent, dat tot de tegenwoordige tijd 2 x 1020 voordelige mutaties plaatsgevonden zouden moeten hebben.

Dat zouden over de afgelopen 500 miljoen jaar gerekend (waarin de evolutie naar men zegt plaatsgevonden zou hebben) wereldwijd gemiddeld 10.000 voordelige mutaties per seconde zijn! Toch kon in de hele vakliteratuur van de afgelopen tien jaar geen enkele mutatie aangetoond worden, waardoor aanvullende zinvolle coderingen aan het DNA zouden zijn toegevoegd.12

Daarbij moet er rekening mee gehouden worden, dat in deze voorstelling alleen sprake is van succesvolle mutaties. Volgens de evolutietheorie moet een gigantisch veelvoud aan toevallige mutaties plaatsvinden om er 10.000 succesvolle per seconde te krijgen.

Conclusie

Dat DNA-ketens zich spontaan en vaak kunnen verlengen, is voor de evolutietheorie van essentieel belang. Dat iets dergelijks ook na proeven over tientallen jaren geen enkele maal vastgesteld kon worden, heeft onder anderen met controle mechanismen in de cel te maken, die dit juist verhinderen. Mutaties kunnen dit controleproces na het kopiëren alleen dan „overleven“, als zij uit een gelijk aantal bouwstenen bestaan als het origineel. Zo niet dan worden zij direct weer vernietigd.

Richard Dawkins, een vooraanstaand verdediger der evolutietheorie, werd gevraagd, of hij een voorbeeld voor een verandering van een organisme kon geven, waarbij informatie toegevoegd werd. Hij was daartoe niet in staat.3 Lee Spetner is daarom van mening, dat „het onvermogen, om ook maar één enkel voorbeeld van een mutatie te noemen, waarbij informatie toegevoegd wordt, meer betekent dan slechts een falende ondersteuning van de theorie. Het is een duidelijk bewijs tegen de evolutietheorie“.4

Wij staan voor het feit, dat ook na meer dan 50 jaar intensief onderzoek geen enkel voorbeeld voor de toename van intelligente informatie in het genoom gevonden kon worden.

Voetnoten

  1. Gerald R. Bergman, Darwinism and the Deterioration of the Genome, CRSQ 42/2, September 2005, p. 110 – 112.
  2. Barney Maddox, Mutations: The Raw Material for Evolution?, Acts and Facts 36/9, September 2007, p. 10 – 13.
  3. Gillian Brown, A Response to Barry Williams, the Skeptic 18/3, September 1998.
  4. Lee Spetner, Not by Chance!, Judaica Press, 1997, p. 107 & 131.

LEUK ARTIKEL?
Bent u blij met dit artikel? Het onderhoud en de ontwikkeling van deze website vragen financiële offers. Zou u ons willen steunen met een maandelijkse bijdrage? Dat kan door ons donatieformulier in te vullen of een bijdrage over te schrijven naar NL53 INGB000 7655373 t.n.v. Logos Instituut. Logos Instituut is een ANBI-stichting en dat wil zeggen dat uw gift fiscaal aftrekbaar is.

95 Stellingen

Written by

Weliswaar zijn sinds de eerste uitgave van Charles Darwins boek "Het ontstaan van soorten" op 24 november 1859 ontelbare feiten bekend geworden, die heel duidelijk tegen de evolutietheorie spreken, maar het geloof in evolutie, oerknal en een vele miljoenen jaren oude aarde heeft zich diep in het bewustzijn van de moderne maatschappij ingenesteld. Hierbij heeft deze wereldbeschouwing langzamerhand een fundamentalistisch karakter aangenomen. In geen ander gebied van de wetenschap worden kritische stemmen zo onzakelijk en heftig aangevallen als op dit gebied van onderzoek. Wie twijfelt, wordt uit het debat over de oorsprongsvragen uitgesloten en niet zelden bestreden. De eigenwijsheid van de leidende disciplines in wetenschap, onderwijs en media doet denken aan de koppigheid, waarmee de Rooms Katholieke kerk in de Middeleeuwen haar toenmalige wereldbeeld verdedigd heeft. Op 31 oktober 1517 heeft de hervormer Maarten Luther 95 stellingen gepubliceerd, waarmee hij de toenmaals wijdverbreide aflaatpraktijk ter discussie stelde. Deze bemoeienis heeft een kettingreactie veroorzaakt, die uiteindelijk tot de Reformatie leidde. Op gelijke wijze moeten de hier aanwezige 95 stellingen tot een verandering van denken in het oorsprongsdebat bijdragen. Met deze publicatie willen wij ons ervoor inzetten, dat in de discussie over de oorsprong van de mensheid, het aardse leven en de kosmos een open omgang met wetenschappelijke gegevens, interpretaties en wereldbeschouwelijke stellingnamen* mogelijk wordt.

32 Comments

Peter

“Dat DNA-ketens zich spontaan en vaak kunnen verlengen, is voor de evolutietheorie van essentieel belang.” DNA-ketens worden langer door genduplicatie of genoomduplicatie (…).

(…) Genduplicatie en daaropvolgende specialisatie van de beide genen tot nieuwe genen [zorgt] voor nieuwe functies. Een goed voorbeeld gaat over de steroïdhormonen (https://nl.wikipedia.org/wiki/Stero%C3%AFdhormoon). Het is het onderzoek van J.W. Thornton, bijvoorbeeld uit 2001: “Evolution of vertebrate steroid receptors from an ancestral estrogen receptor by ligand exploitation and serial genome expansions”. [Zie:] http://www.pnas.org/content/98/10/5671.full.pdf “Steroid Receptors Diversified in Two Serial Genome Expansions.” “The Ancestral Steroid Receptor Was an Estrogen Receptor” “The Second Receptor to Evolve Was a Progesterone Receptor.” “Ligand Exploitation: A Mechanism for the Evolution of Endocrine Complexity.”

Reply
Ed Vaessen

“Richard Dawkins, een vooraanstaand verdediger der evolutietheorie, werd gevraagd, of hij een voorbeeld voor een verandering van een organisme kon geven, waarbij informatie toegevoegd werd. Hij was daartoe niet in staat.3”

[Gaat het hier] (…) over dat fameuze interview waarbij Richard Dawkins seconden lang stil viel?

Reply
Eppie

Beste Peter, het artikel van Thornton heeft in dit kader [naar mijn mening] geen bewijskracht. Het is louter terugredenatie vanuit een evolutionair paradigma. In andere artikelen wordt al ruiterlijk toegegeven dat genduplicatie niet leidt tot innovatie:

Turning a hobby into a job: how duplicated genes find new functions. Conant GC, Wolfe KH.
Abstract: “Interestingly, in many cases the ‘new’ function of one copy is a secondary property that was always present, but that has been co-opted to a primary role after the duplication.”

Reply
Peter

[@Eppie]

[Bekijk het] abstract Conan & Wolf in zijn geheel. Let even op: “including mutations that directly impart new functions” en “in many cases”, – niet altijd, kijk onder Neofunctionalization. Conan & Wolfe schrijven ook: “In the following sections we consider the two linked questions of how duplication can create genetic novelty by co-opting features from existing genes, and how selection optimizes that novelty.” Als het ‘novelty’ is, waarom is het dan geen ‘nieuwe informatie’ bij creationisten? Die vraag blijft natuurlijk. Het enige antwoord daarop lijkt te zijn dat vermeerdering van ‘informatie’ per definitie niet mag, omdat dan het hele creationistische bouwwerk omvalt. Genduplicatie en genoomduplicatie komen vaak voor, zijn de basis van diversificatie, en geven goed aan dat in evolutie ‘nieuw’ vrijwel altijd ergens op gebouwd is. Al dit kun je ontkennen door een los gebruik van ‘informatie’.

Eppie zegt: “Het artikel van (…) een evolutionair paradigma”. Dat is erg gemakkelijk gezeg[d]. (…)

@Douwe Tiemersma

“Gemeenschappelijke afstamming (…) m.b.v. mutaties”
Die veronderstelling is mij niet bekend.

“Je kunt dan (…) geen nieuwe informatie.”
Bedoel je dat je met gen A na 10 rondes duplicaties 1000 functies hebt, en nog steeds één set informatie? Kan je dit exact uitleggen? Kan je uitleggen waarom een functie niet eigen informatie heeft?

@ Eppie en Douwe Tiemersma,

Laten we eens naar Chen, Krinsky & Long kijken, ook Nature Reviews Genetics maar vijf jaar recenter. “New genes as drivers of phenotypic evolution”. Naast o.a. genduplicatie (uiteraard) hebben zij ook ‘De novo origination’ en ‘Non-coding RNA’. Ik raad deze onderdelen van dit artikel aan: ‘New genes can rapidly become essential in development’ en ‘An excess of new genes expressed in the developing brain of humans.” Peter B. gaat nu zeggen dat nieuwe genen ‘bewijzen’ dat er geen evolutie is, maar evolutie is bekend, nieuwe genen blijken dan voor te komen.

Peter

[Mijn reactie op] dat interview: Evolutiebiologie gebruikt nooit de terminologie ‘toevoegen van informatie’. De term informatie heeft [m.i.] zelf geen werkelijke betekenis als het over evolutie gaat. Op het moment dat de interviewer de terminologie ‘toevoegen van informatie’ gebruikte wist Dawkins dat hij met creationisten te maken had – eerder niet.

Zoals ik in het eerdere comment al aangeeft, genduplicatie en daaropvolgende specialisatie van de beide genen tot nieuwe genen zorgt voor nieuwe functies. Het is me een volledig raadsel waarom dit geen ‘toevoegen van informatie’ mag heten. Zowel genduplicatie als genoomduplicatie, in beide gevallen gevolgd door specialisatie, zijn algemeen bekende processen.

Reply
Douwe Tiemersma

Beste Peter,

Je zegt dat “genduplicatie en daaropvolgende specialisatie van de beide genen tot nieuwe genen zorgt voor nieuwe functies.” Zoals je hierboven kunt lezen, zorgt dit niet voor nieuwe functies, want de functies waren al in het genoom aanwezig, maar misschien nog niet geactiveerd.

Je kunt het vergelijken met het hebben van een boek met bouwplannen. Normaal gesproken ligt dit boek open bij het bouwplan dat op dat moment veel wordt gebruikt. Wanneer een ander bouwplan nodig is, kan worden gebladerd naar dat bouwplan (selectie), maar het boek kan niet gelijktijdig op twee plekken open liggen. Daarom wordt besloten een kopie van het hele boek te maken, zodat er twee verschillende bouwplannen tegelijkertijd ingezien kunnen worden (specialisatie). Betekent dit dat er informatie is toegevoegd? Natuurlijk niet! Er is slechts gekopieerd.
Hetzelfde gebeurt met genduplicatie: het betreft slechts een kopie van bestaande informatie. Dat er vervolgens een ander deel van dit gen wordt geactiveerd, laat slechts de rijkdom van het oorspronkelijke gen zien.

Gemeenschappelijke afstamming veronderstelt dat niet in het genoom aanwezige informatie in het genoom terecht is gekomen m.b.v. mutaties – nu blijkt dat deze mutaties niet zijn waar te nemen, kortom, er is [m.i.] geen bewijs te vinden voor gemeenschappelijke afstamming. Je kunt dan blijven wijzen op genoomduplicatie, maar ook al dupliceer je een gen zo vaak dat elke verschillende eigenschap kan worden geactiveerd, je hebt nog steeds geen nieuwe informatie.

Eppie

Beste Peter, excuses, soms mis ik een reactie. Mijn reactie op artikel van Thornton was: “Het is louter terugredenatie vanuit een evolutionair paradigma.” Je reactie daarop was: “Dat is erg gemakkelijk gezegd”. Nou daarin heb je gelijk. dat was makkelijk gezegd, maar wel nadat ik het artikel gelezen had. Het artikel levert geen bewijs voor evolutie van de receptoren maar gaat uit van de evolutie van de receptoren en reconstrueert vervolgens hoe dat dan gegaan zou moeten zijn. Ik mis op dit moment de tijd om de andere topics uit te werken. Hartelijke groeten,

Eppie

Beste Peter, er is in de biologie geen twijfel over dat iemand die het over DNA heeft, het over informatie heeft. Binnen de evolutiebiologie is het echter een nogo area. Genduplicatie en specialisatie (voor zover die specialisatie al optreedt) is zoiets als een boek kopiëren (bv origin of species) en dan van het origineel de eerste helft weggooien en van de kopie de tweede helft. [M.i. is dat] niet innovatief.

Reply
Ed Vaessen

“Beste Peter, er is in de biologie geen twijfel over dat iemand die het over DNA heeft, het over informatie heeft.”

Maar niet over informatie met betekenis voor de ontvanger zoals bijvoorbeeld een geschreven brief die wel heeft. Het woord informatie moet dus zeer zorgvuldig worden gedefinieerd in deze discussie. De zinsnede ‘het is informatie’ zegt [naar mijn mening] niets over wat we daar precies onder moeten verstaan en een dergelijk los gebruik leidt [m.i.] tot de drogreden van equivocatie.

Reply
Eppie

Het DNA is [m.i.] niet anders dan gegevens met betekenis voor de ontvanger op alle niveaus. In feite is de functie van het DNA niet anders dan informatie conservering en overdracht.

1) informatie voor het functioneren van de cel
2) informatie voor het functioneren van dochtercellen
3) informatie overdracht aan nakomelingen.

Het is prachtig om te zien hoe voor vrijwel alle eisen waar informatie aan moet voldoen volgens Wikipedia in het DNA mechanismen aanwezig zijn die het moeten waarborgen:

Integriteit
Kwaliteit
Kwantiteit
Tijdigheid
Volledig
Actueel (up-to-date)
Controleerbaar

Reply
Ed Vaessen

“Het DNA is [m.i.] niet anders dan gegevens met betekenis voor de ontvanger op alle niveaus.”

D[at is m.i.] niet [zo]. Net zo min als een computerprogramma betekenis heeft voor de computer. Die doet ook niets anders dan de aangeleverde nullen en enen blindelings afwerken volgens elektronische banen. Het is geen intelligent ding dat snapt wat de programmeur bedoelt.

“In feite is de functie van het DNA niet anders dan informatie conservering en overdracht.”

Dat op zich is niet verkeerd gezegd.

Reply
Bart Klink

Het vermenigvuldigen en vervolgens aanpassen van bestaande genetische informatie in de enige manier waarop nieuwe informatie evolutionair kan ontstaan. Er is geen magische/goddelijke ingreep om informatie uit het niets te toveren. Belangrijke evolutionaire mechanismen die nieuwe informatie genereren, zijn genoom- en genduplicatie. Hier is veel evidentie voor, zie mijn recensie van Peter Borgers boek (http://deatheist.nl/index.php?option=com_content&view=article&id=312:de-wetenschappelijke-dwaalwegen-van-een-creationistisch-bioloog&catid=2:artikelen&Itemid=3). Er is de afgelopen jaren door genoomanalyses veel nieuwe kennis verkregen op dit gebied. Zie voor een recent overzicht en discussie: http://www.nature.com/nrg/journal/v17/n9/full/nrg.2016.78.html

Reply
peter b

B[art] K[link], de de novo genes, die je aanhaalt, hebben nu juist niets met duplicties te maken, maar met reeds aanwezige sequenties die een nieuwe promotor verkrijgen, bijvoorbeeld door een transposon of door derepressie. De de novo genes waren als sequentie al in het genoom aanwezig en bevestigt de frontloading evolutietheorie, die als hypothetisch model steeds naast Darwinisme bestond en steeds meer onderbouwing krijgt. Ook dit Nature artikel is frontloaded evolutie, met Darwinisme heeft het niks te maken. Met NeoDarwinsime al helemaal niks. Het is een voorbeeld van supersnelle evolutie, want er hoeven er geen nieuwe sequenties te worden geselecteerd. Of, zoals ik in mijn boek schreef: Er hoeft niks te ontstaan, want alles is al in het genoom aanwezig. Zowel de sequenties als de mechanismen om variatie, adaptatie, en speciatie te laten plaatshebben.

Douwe Tiemersma

Dag Bart,

Genduplicatie staat niet ter discussie. Genduplicatie gaat over het kopieren van een gen. Je kunt zo veel kopieren als je wilt, om nieuwe eigenschappen te krijgen die nog niet aanwezig waren in het oorspronkelijke gen, heb je mutaties nodig. Vervolgens blijkt dat we dit soort mutaties niet kennen: “Van de 453.732 beschreven mutaties konden slechts 186 als gunstig ingedeeld worden. Echter bij geen van deze mutaties vond men een toename van genen voor nieuwe en ook functionerende proteïnen.”

Ed Vaessen

Jerry Bergman is ook [bekend] om (…) [zijn] half citeren van C.S. Lewis (…) [om daarmee te laten zien] dat die beroemde man creationist was en tegen evolutie. [Zie ook:] http://creation.com/images/pdfs/tj/j29_1/j29_1_58-60.pdf

(…)

[Van] Jerry Bergman [is daarnaast] bekend [dat] hij stelde dat Darwin ooit (…) gezegd [heeft] dat hij God wilde ‘vermoorden’.

Graag verneem ik (…) waar Darwin, wiens geschriften en citaten tot in den treure bekend zijn, dat gezegd zou hebben. (…) Meneer Bergman [schreef ook] een boek waar Darwinisme aan Nazisme wordt gekoppeld en een over de duistere kant van Darwin karakter. (…)

[Beste Ed, in deze reactie stonden veel verdachtmakingen en (bijna)scheldwoorden. Dat is in strijd met ons moderatiebeleid. We hebben daarom veel weg moeten halen.]

Reply
Jan van Meerten

Geachte heer Vaessen, uw bovenstaande reactie gaat niet in op de bovenstaande publicatie van de door mij gerespecteerde dr. Bergman en is daarmee off-topic. Maar ik vind het interessant dat u een paar werken uit de uitgebreide bibliografie van dr. Bergman weergeeft. Ik heb slechts twee vragen hierover: Waar schrijft dr. Bergman dat Darwin ooit gezegd heeft dat hij God wilde ‘vermoorden’? En welke bronnen gebruikt dr. Bergman daarbij?

Reply
Alfred

De uitspraak komt uit het boek ‘The dark side of Charles Darwin’, van Bergman zelf. De bronnen die hij gebruikt komen uit biografieën (inclusief Darwin’s autobiografie) en zijn correspondentie met andere wetenschappers uit zijn tijd. Naar mijn mening schrijft Bergman een bijzonder respectloos boek, dat geen ander doel dient dan karaktermoord. Dat doet hij door de bronnen die hij gebruikt structureel [verkeerd weer te geven].

Wetenschapshistorica Sara Joan Miles, van de Amerikaanse vereniging van Christelijke wetenschappers (ASA) beschrijft het in een review als volgt: ‘Ad hominem arguments, which are the essence of this book, provide irrelevant and insufficient grounds for evaluating scientific theories. Just as scientific hagiographies distort the scientist and his or her work by portraying an idealized person, books such as Bergman’s distort the individual and his or her accomplishments by demonizing the person. Neither is good scholarship and both should be eschewed.’

Peter

Heel interessante vragen. Ik hoop dat Ed Vaes[sen] of Jan van Meerten precies opschrijft wat Bergman schreef en wat zijn bronnen zijn.

Douwe Tiemersma

@Ed, Jan, Hetty, Peter, Alfred: “Ad hominem arguments […] provide irrelevant and insufficient grounds for evaluating scientific theories.”
Reden genoeg dus, om terug te keren naar de inhoud, en niet te focussen op de persoon:

Klopt wat er in het artikel hierboven is gesteld? Zijn er werkelijk zo weinig gunstige mutaties bekend? En klopt het dat geen van die “gunstige” mutaties leidde tot toename van genen voor nieuwe en ook functionerende proteïnen? Wat zijn de implicaties voor gemeenschappelijke afstamming als mutaties niet (voldoende) verantwoordelijk blijken voor de nodige verandering/verbetering?

peter b

Wie zelf onderzoek doet naar de genetische inhoud van genomen, zal ontdekken dat duplicaties geen rol van betekenis spelen bij de een informatietoename die nodig is om nieuwe organismen te laten evolueren. Wie mijn boek kent, zoals Bart Klink, weet dat er geen associatie is met nieuwe genetische informatie, redundantie en duplicaties. Redundante genen zijn hier het bewijs dat er geen genoomevolutie plaats heeft door duplicatie: twee of meervoudige backups zijn nieuwe info die niet door duplicatie wordt bewerkstelligd maar door nieuwe unieke informatie. Op gelijke wijze vinden we nieuwe unieke informatie in mensen en chimpanzees. In de mens vinden we duizenden genen die we niet in de chimp aantreffen en omgekeerd ook. Deze unieke info is niet door duplicatie ontstaan, maar het betreft nieuwe en unieke informatie. Hiermee is Ohno´s evolutie door duplicatie weerlegd. Daarmee is niet gezegd dat er geen duplicaties plaatsvinden, ze vinden wel plaats, maar met evolutie van microbe naar mens heeft het niks te maken. Wel met adaptatie. Alles was al in het genoom. De variatie die we waarnemen, maar ook adaptaties en speciaties door genetische mechanismen, wordt door het genoom geprogrammeerd. Het induceren van variatie, adapaties en speciatie, zijn eigenschappen van het genoom en daarmee van het organisme. Dit is de grote fout die 19e eeuwse metafysicus, Darwin, maakte, en met hem alle navolgers.

Ed, Bergman toont de ware aard van het gevaar dat direct gepaard gaat met Darwin. Hij is de Assange van de wetenschap, maar niemand wil de waarheid kennen. Het is een feit dat de Nazi´s eugenetici waren, ze vermoorden de -door henzelf gedefinieerde- evolutionaire “zwakkelingen”. De Amerikaanse Darwinisten steriliseerden hun “zwakkelingen”. Het aborteren van Down-syndrome babies is ook eugenetica – natuurlijke selectie door de mens. Het is [puur] Darwinisme [en hiervoor] zou de politiek Darwinisme moeten verbieden.

Reply
Hetty Dolman

Geachte heer van Meerten,

Dr Bergman heeft een boek geschreven dat heet: ‘The Dark Side of Darwin’. Kerken nodigen dr. Bergman uit als gastspreker. In het eerste deel van zo’n avond bespreekt hij het boek met bovenstaande titel.

Het eerste onderwerp gaat over het voornaamste doel van Darwin: ‘he wanted to “murder” god’

http://www.cssmwi.org/site/cpage.asp?cpage_id=140030666&sec_id=140000812

Ik kan iedereen gerust stellen over het 3e punt van dr. Bergmans’ lezing: Darwin pleegde geen plagiaat.
http://www.volkskrant.nl/archief/vaarplan-pleit-darwin-vrij-van-plagiaat~a3075862/

Reply
Ed Vaessen

Peter:
“[Mijn reactie op] dat interview: Evolutiebiologie gebruikt nooit de terminologie ‘toevoegen van informatie’.”

Informatieoverdracht geschiedt vaak van intelligente zender naar intelligente ontvanger. [Hier wordt geprobeerd] het woord ‘intelligentie’ aan informatie te koppelen. Net zoals men thermodynamische entropie vaak wenst te koppelen aan wanorde en omdat evolutie toenemende orde zou zijn. (…)

Reply
Peter

Amazon over “The Dark Side of Charles Darwin” – March 31, 2011 by Jerry Bergman https://www.amazon.com/Dark-Side-Charles-Darwin/dp/0890516057 “Thoroughly documented, this book reveals Darwin’s less-than-above board methods of attempting to prove his so-called scientific beliefs, and his plot to “murder God” by challenging the then-dominant biblical worldview” Alles wat Darwin ooit schreef staat online: http://darwin-online.org.uk/

Die website is lastig, maar enig zoeken op ‘murder’ geeft onder F1452.2 Darwin, Francis ed. 1887. The life and letters of Charles Darwin, including an autobiographical chapter. London: John Murray. Volume 2. C. Darwin to J. D. Hooker. [January 11th, 1844.]
“… At last gleams of light have come, and I am almost convinced (quite contrary to the opinion I started with) that species are not (it is like confessing a murder) immutable. …“ Dat is het enige waar Bergman naar kan verwijzen. Het is totaal anders dan ‘murder God’.

Reply
Jan van Meerten

Geachte Peter, hartelijk bedankt voor uw zoekwerk. Toch geeft het nog niet het volledige antwoord. De door mij geachte heer Vaessen schreef: Van Jerry Bergman (…) God wilde ‘vermoorden’. Ik vroeg dhr. Vaessen toen waar dr. Bergman dat geschreven heeft en welke bronnen hij daarvoor gebruikt heeft. Het zoekwerk van u en de geachte mevrouw Dolman laat zien dat dr. Bergman dat waarschijnlijk geschreven heeft in ‘The Dark side of Charles Darwin’. Welke bronnen hij daarvoor gebruikt is mij niet bekend, ik heb dit boekje namelijk niet in de kast staan. Ik heb het boekje vandaag wel besteld, maar het duurt even voordat deze binnen is. Ter zijner tijd zal ik het daarom bestuderen welke bronnen hij gebruikt heeft voor deze uitspraak. Uiteraard zijn er meerdere zoekwoorden mogelijk dan ‘murder’. Uiteraard kan dit niet gebruikt worden tegen het bovenstaande onderzoek, want dat gaat niet over ‘The Dark side of Charles Darwin’ maar over ‘Mutaties en informatietoename’.

Reply
Peter

@ Eppie augustus 18th, 2016: “ Genduplicatie en specialisatie is zoiets als een boek kopiëren (bv origin of species) en dan van het origineel de eerste helft weggooien en van de kopie de tweede helft.“

Eppies voorbeeld is niet van toepassing op de biologie. Van een genduplicatie word niet bij het ene gen na de duplicatie de helft weggegooid en van het andere gen na de duplicatie de andere helft weggegooid. Om Eppies metafoor te gebruiken, genduplicatie is als de zesde druk van de Origin of Species – de eerste druk bestaat ook nog, en de drukken verschillen in inhoud, informatie zo Eppie wil.
Als beide genen functioneel blijven volgt subfunctionalisatie of neo-functionalisatie. Ik gaf al een voorbeeld van steroid hormoon receptoren. Een bekend voorbeeld is natuurlijk hemoglobine. Het hemoglobine molecule heeft vier eiwitketens. Bij volwassenen is dat 2 ketens α hemoglobine en 2 ketens β hemoglobine, afkomstig van de α en β hemoglobine genen – een oude genduplicatie. Dat is hemoglobine A (α2β2); er is ook een variant hemoglobine A2 (α2δ2) met de δ keten afkomstig van het δ gen, een duplicatie van het β gen. Verder is er hemoglobine F (α2γ2) in ongeboren kinderen: het hemoglobine γ gen is ook een duplicatie van het β gen. In het embryo is er hemoglobine ζ2ε2 en α2ε2. Het hemoglobine ε gen is ook een duplicatie van het β gen. Het hemoglobine ζ gen is een duplicatie van het α gen. Fetaal hemoglobine F (α2γ2) heeft een hogere affiniteit voor zuurstof, wat een goed idee is voor een fetus. Een ζ hemoglobin keten in plaats van een α hemoglobin keten verhoogde de affiniteit voor zuurstof. Zodat we functie verschil tussen α en ζ hebben, en functie verschil tussen β, γ en ε. Dus duplicatie wordt gevolgd door functieverschil als gevolg van mutatie. Waarom zou dit geen verschil in informatie mogen heten?

Reply
Peter

Hemoglobine is een eenvoudig geval van genduplicatie en functiedifferentiatie. Het functieverschil kan veel groter zijn. Bijvoorbeeld bij de ooglenseiwitten. Bij vertebraten heb je de α-crystallines en de βγ-crystallines. De α-crystallines maken deel uit van de wijdverbreide genfamilie van de kleine-hitteschok-genen (sHSP). De βγ-crystallines hebben te maken met stress-eiwit in bacteriën. Twee crystallines aanwezig in krokodillen en vogels komen overeen met enzymen. Crystalline δ komt over een met het enzym argosuccinaatlyase, en crystalline ε komt overeen met lactaatdehydrogenase. (Dit rijtje is niet volledig: zie figure 2 in ‘Gene Co-Option in Physiological and Morphological Evolution.’True en. Carroll. Ann Rev Cell Develop Biol 18: 53–80).
Een ander voorbeeld van genduplicatie, beginnende functieverandering, genduplicatie, sterke functieverandering is bij de anti-vrieseiwitten. Een voorbeeld is antivrieseiwit in een vis in Noordpoolwateren. http://www.pnas.org/content/107/50/21593.

Waarom zou deze toename van functies samen met toename van DNA geen toename van informatie mogen heten?

Reply
Peter

@ Eppie augustus 29th, 2016
“Mijn reactie op (…) zou moeten zijn”

Zie [je hiermee] af van elke verklaring van de gegevens[?] (…)

“Waarom zou deze toename van functies samen met toename van DNA geen toename van informatie mogen heten?”

Wanneer [krijg ik] een antwoord op deze vraag?

Reply
Eppie

Geachte Peter,
Ik lees dat je me aanbeveelt om het artikel “New genes as drivers of phenotypic evolution” van Chen in Nat Rev Genet 2013 te lezen waarvan in het bijzonder het deel: “new genes can rapidly become essential in development”. Ik bemerk dat je nieuwsgierig bent naar mijn reactie. Ik heb het stuk met plezier gelezen.

Het stuk begint met de stelling dat de hypothese logisch is, dat nieuwe genen overbodig zijn, aangezien dat gen daarvoor niet bestond en dus ook niet nodig was. Er zijn volgens het stuk echter sporadische (let op het woord) onderzoeken waaruit blijken zou dat een nieuw gen een essentiële functie vervult. Nu blijkt dat het woordje “nieuw” in deze tekst een bijzondere betekenis heeft. Het betekent: het is een gen die bij een subset van dieren wel voorkomt en een andere subset niet, waardoor de evolutionist aanneemt dat het dus bij de eerste subset nieuw ontstaan was. Maar goed, er wordt een grote studie beschreven waarbij bij het fruitvliegje 200 “nieuwe” genen worden uitgeschakeld waaruit blijkt, dat de “nieuwe” genen (dus genen die bij bepaalde soorten wel voorkomen en andere niet) in 30% van de gevallen een essentiële functie vervullen. De verbazing straalt van het papier af! Gaan we naar de studie waar naar verwezen wordt in Science 2010 (Chen et al, New genes in Drosophila Quickly become essential) dan blijkt dat er geen enkele relatie is tussen onmisbaarheid en of een gen “oud” of “nieuw” is, terwijl dat evolutionair gesproken wel verwacht wordt, omdat het gen vanuit de situatie zou zijn ontstaan, dat hij niet nodig was. De oplossing was de stelling dat genen zo snel essentieel worden, dat ze in de nieuwste groep het plateauniveau al bereikt hebben. De leeftijdsindeling is kennelijk niet gelukkig gemaakt. Waarom is dat in de analyse niet aangepast? Vervolgens worden er aanwijzingen gezocht voor het snel verwerven van noodzakelijkheid. Dat lukt niet goed. [morgen deel 2]

Ed Vaessen

Jan van Meerten:
“Ik heb het boekje vandaag wel besteld, maar het duurt even voordat deze binnen is.”

We hebben de tijd.

Reply
Eppie

[Deel 2]
Op p. 1683 van het artikel van Chen in 2010 wordt verwezen naar een model van Walsh waaruit zou komen dat nieuwe genen snel een essentiële functie kunnen krijgen door het ophopen van gunstige mutaties. Artikel van Walsh 1995 er maar bij gepakt: “How often do duplicated genes evolve new functions?” In het hele artikel worden effecten van gunstige mutaties vergeleken met effecten van neutrale mutaties. Cumulatie van gunstige mutatie (b)lijkt te helpen. Het bestaan van ongunstige mutaties wordt in het model genegeerd, wordt in het artikel zelfs niet genoemd, terwijl deze ongunstige mutaties in de praktijk de hoofdmoot zijn. Maar ja, zo ga je niet vooruit. Gelukkig, de auteurs in Nature schrijven in de laatste zin van de eerste alinea dat de observaties suggereren dat de species-specifieke en lijnspecifieke genen snel onmisbaar zijn geworden in de ontwikkeling. Ze gebruiken hier wel de wetenschappelijk verantwoorde termen. Over new genes wordt niet gesproken en ze gaan niet verder dan “suggest”. Het is een suggestie voor wie er gevoelig voor is. Meer niet. De vanuit evolutionair oogpunt lastige bevinding dat “nieuwe” genen niet minder essentieel zijn dan “oude” genen wordt verder uitgediept in de volgende alinea. Mijn conclusie zou zijn dat de “leeftijd” niets met functie van doen heeft. De auteurs menen nog enig houvast te kunnen vinden in een artikel van Dowell uit 2010.: A study in Saccharomyces suggested that newly duplicated genes have evolved differential essentiality. Dowell et al hebben in gist 5100 genen gedeletet. 894 bleken essentieel. Een aantal bleken in de ene stam essentieel en niet in de andere en vice versa (44 en 13 genen). “analysis showed that conditional essentiality is almost always a conseq. of complex genetic interactions involving multiple modifiers associated with strain specific genetic modification …” Niets over duplicated genes. Het probleem van de essentialiteit van “nieuwe” genen is voor de evolutionist dus nog niet opgelost.

Reply
Peter

Het onderwerp van bespreking is of evolutie leidt tot toename van ‘informatie’. Creationisten ontkennen dat toename van ‘informatie’ door evolutie mogelijk is, zie intro van de stelling hierboven. Ook Eppie ontkent dat ‘informatie’ kan toenemen door evolutie. Daarom heb ik op 19 augustus het artikel van Chen, Krinsky & Long, 2013, Nature Reviews Genetics aanbevolen voor de toename van informatie bij evolutie, en op 22 en 24 augustus nog wat voorbeelden gegeven. Eppie reageert op 30 en 31 augustus op het artikel van Chen, maar vermijdt de oorspronkelijke probleemstelling te behandelen.

Chen geeft aan dat nieuwe genen een nieuwe essentiële functie kunnen verwerven. Eppie ziet niet waarom het om nieuwe genen gaat; hij zegt (30-8): “Nu blijkt dat het woordje “nieuw” in deze tekst een bijzondere betekenis heeft. Het betekent: het is een gen die bij een subset van dieren wel voorkomt en een andere subset niet, waardoor de evolutionist aanneemt dat het dus bij de eerste subset nieuw ontstaan was.” Eppie doet alsof die subsets willekeurig zijn. Weet Eppie niet hoe een ‘nieuw’ kenmerk / gen op grond van een fylogenetische boom als in fig 2 van Chen et al onderscheiden wordt van een ‘oud’ kenmerk / gen[?] Dat is wat vreemd, omdat Drosophila een basistype zal zijn, en binnen basistypes de DNA-indeling als mate van verwantschap geldt. Dus als (zie fig 2) D. mel, D. sim, D. sec, D. ere en D. yak een gen hebben dat D. ana , D. per, D. wil en de verder verwijderde minder verwante rest niet heeft, is er een nieuw gen één keer ontstaan in de voorouder van D. mel t/m D. yak, of het is onafhankelijk van elkaar verloren gegaan in D. ana, D. per D. wil en alle andere 1500 Drosophila soorten. Daarom gaat het om een nieuw gen, en dit is steeds de redenering. Deze nieuwe genen hebben essentiële functies, ook nieuwe essentiële functies. Eppie ontkent dat niet. De conclusie is dan dat er nieuwe ‘informatie’ is, want er is een nieuw gen met een nieuwe functie.

Reply
Peter

[Ik heb wat] gemengde opmerkingen over [de reacties van] Eppie 30-8, 31-8. Eppie zegt, over het feit dat 30% van de gevonden nieuwe genen essentiëel is: “De verbazing straalt van het papier af!” Ja, interessant toch? Eppie zegt naar aanleiding van het feit dat 30% van de gevonden nieuwe genen essentiëel is: “De leeftijdsindeling is kennelijk niet gelukkig gemaakt. Waarom is dat in de analyse niet aangepast?” Waarom ‘kennelijk’? Het artikel dat hij bespreekt zegt: “we identified 566 new genes in the D. melanogaster genome and dated their evolutionary ages through phylogenetic distributions” Daaraan valt niets ‘aan te passen’. Het is de volgorde van de splitsingen, niet de absolute tijd die van belang is.

Eppie valt over het woord ‘sporadisch’ uit: “Conversely, there have been sporadic reports about the key roles for new genes in developmental pathways or other essential pathways, and a systematic test for the importance of new genes was therefore desirable. The roles of new genes in development had not been extensively studied until recently.” Hoeveel jaar is het geleden dat nieuwe genen niet opgespoord konden worden in het genoom? Verwacht je iets anders dan een sporadisch rapport als het over een nieuw te bestuderen fenomeen gaat? Eppie verbaast zich erover dat er niets over ongunstige mutaties in deze artikelen staat. Hij zegt “Maar ja, zo ga je niet vooruit.” Precies, die zijn niet van belang.

Eppie zegt: “Niets over duplicated genes”, in Dowell et al 2010, een studie met de gist Saccharomyces cerevisiae met verschil in essentiële mutanten tussen lijnen. ‘Duplicatie’ hoeft niet genoemd, omdat Saccharomyces cerevisiae ontstaan is door een Whole Genome Duplication uit een Kluyveromyces gist. [Dit werd gepubliceerd in een] serie publicaties omstreeks 10 jaar terug. Ik [heb] Eppie (…) nu wat literatuur aangeleverd dat [laat zien dat] informatietoename een niet te ontkennen verschijnsel is.

Reply

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

 tekens over