Veel eigenschappen van organismen zijn zo onsystematisch verdeeld, dat het bij toenemend onderzoek niet eenvoudiger, maar moeilijker wordt, om correcte stambomen te vormen en op consistente wijze afstammingsrelaties te reconstrueren. In plaats van stambomen moeten voortdurend nieuwe, op zichzelf staande stamstruiken geschetst worden. Daarbij komt, dat moderne DNA-analysen ons dwingen, stambomen, die tot nu toe erkend waren, te herzien en opnieuw in aparte struiken weer te geven. Het opstellen van een algemeen erkende stamboom der soorten is mislukt.

sun-75967_1280

Met het schetsen van één enkele levensstamboom (monofyletische voorstelling) probeert men de afstamming van verschillende levensvormen (basissoorten) op een enkele gemeenschappelijke voorouder terug te brengen. Spreekt men daarentegen van stamstruiken (polyfyletische voorstelling), dan bedoelt men daarmee een veelvoud aan aparte afstammingslijnen, die niet op een gezamenlijke voorouder teruggevoerd kunnen worden.1

In het verleden was men aangewezen op het tekenen van stambomen op grond van anatomische en fysiologische kenmerken en/of eigenschappen van voortplanting en gedrag. Het was vaak moeilijk de verschillende uitgesproken klassen, families en soorten van de planten en dieren in een eenduidige systematiek te ordenen. Tegenwoordig heeft de wetenschap ook de beschikking over analyses van het erfelijk materiaal (DNA). Tot voor enige jaren hoopte men dat deze DNA-analysen een bevestiging van de reeds bestaande stamboomstructuren zouden geven. Deze hoop ging echter niet in vervulling. Het tegendeel bleek het geval. In plaats van de verwachte stamboom, kwam men met steeds meer schetsen van nieuwe stamstruiken.

Stamboomonderzoek in de fossielen

Ondanks intensief onderzoek werd tot op heden geen enkele serie fossielen gevonden die met de ongewervelden begint en via vissen, amfibieën en reptielen naar de zoogdieren loopt.2

Voetnoten

  1. Reinhard Junker und Siegfried Scherer, Evolution, ein kritisches Lehrbuch, 2006, S. 247. Dit boek is in het Nederlands vertaald en hier te verkrijgen.
  2. Vij Sodera, One small Speck to Man, the Evolution myth, Vija Sodera Productions, 2003, p. 37.

LEUK ARTIKEL?
Bent u blij met dit artikel? Het onderhoud en de ontwikkeling van deze website vragen financiële offers. Zou u ons willen steunen met een maandelijkse bijdrage? Dat kan door ons donatieformulier in te vullen of een bijdrage over te schrijven naar NL53 INGB000 7655373 t.n.v. Logos Instituut. Logos Instituut is een ANBI-stichting en dat wil zeggen dat uw gift fiscaal aftrekbaar is.

95 Stellingen

Written by

Weliswaar zijn sinds de eerste uitgave van Charles Darwins boek "Het ontstaan van soorten" op 24 november 1859 ontelbare feiten bekend geworden, die heel duidelijk tegen de evolutietheorie spreken, maar het geloof in evolutie, oerknal en een vele miljoenen jaren oude aarde heeft zich diep in het bewustzijn van de moderne maatschappij ingenesteld. Hierbij heeft deze wereldbeschouwing langzamerhand een fundamentalistisch karakter aangenomen. In geen ander gebied van de wetenschap worden kritische stemmen zo onzakelijk en heftig aangevallen als op dit gebied van onderzoek. Wie twijfelt, wordt uit het debat over de oorsprongsvragen uitgesloten en niet zelden bestreden. De eigenwijsheid van de leidende disciplines in wetenschap, onderwijs en media doet denken aan de koppigheid, waarmee de Rooms Katholieke kerk in de Middeleeuwen haar toenmalige wereldbeeld verdedigd heeft. Op 31 oktober 1517 heeft de hervormer Maarten Luther 95 stellingen gepubliceerd, waarmee hij de toenmaals wijdverbreide aflaatpraktijk ter discussie stelde. Deze bemoeienis heeft een kettingreactie veroorzaakt, die uiteindelijk tot de Reformatie leidde. Op gelijke wijze moeten de hier aanwezige 95 stellingen tot een verandering van denken in het oorsprongsdebat bijdragen. Met deze publicatie willen wij ons ervoor inzetten, dat in de discussie over de oorsprong van de mensheid, het aardse leven en de kosmos een open omgang met wetenschappelijke gegevens, interpretaties en wereldbeschouwelijke stellingnamen* mogelijk wordt.

36 Comments

Peter

Het is [wat mij betreft] jammer dat voorbeelden in deze post ontbreken: nu is het [m.i.] een losse bewering zonder argumenten. De noot die na te trekken valt levert geen argument voor de bewering. Junker & Scherer beweren in 2006 op blz 247 onder figuur 14.37 dat er geen stamboom van de zoogdieren is op te stellen. Hun enige verwijzing hierbij is een paleontologieboek uit 1968.

Laten we naar voorbeelden kijken, uiteraard voorbeelden van hoe DNA analyse bijgedragen heeft tot inzicht in de indeling en daarmee afstamming van de levende wezens. Voor het gehele dierenrijk is er een algemeen aanvaarde monofyletische boom op grond van DNA: die boom staat weergegeven in Junker & Scherer 2006 op blz. 135. Voor degenen die dit boek niet hebben, de fylogenetische boom van het dierenrijk is te vinden in deze figuur: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Metazoan_Phylogenetic_Tree.png. Voor de insecten: http://www.livescience.com/48663-insect-family-tree-evolution.html. Voor alle geleedpotigen, een fylogenetische boom die zowel door morfologie als DNA onderbouwd is: http://www.nature.com/ncomms/2013/130930/ncomms3485/full/ncomms3485.html. De titel van dat artikel is: “Arthropod fossil data increase congruence of morphological and molecular phylogenies”– volledig tegengesteld aan de bewering boven dat het allemaal maar een rommeltje is. Voor de placentale zoogdieren is er een goede fylogenie met vier grote groepen ordes, op grond van DNA, sinds 2001 (…). Voor een figuur met de vier grote groepen zie: http://www.pnas.org/content/109/37/14942/F1.expansion.html.

Reply
Ed Vaessen

“Ondanks intensief onderzoek werd tot op heden geen enkele serie fossielen gevonden die met de ongewervelden begint en via vissen, amfibieën en reptielen naar de zoogdieren loopt.”

Zeker tussen vissen, amfibieën, reptielen en zoogdieren zijn nogal wat overgangsvormen gevonden. (…)

Reply
Alfred

Zijn er ook wetenschappelijke artikelen die bovenstaande beweringen bevestigen? Een zoektocht in o.m. Google scholar levert namelijk geen enkele bevestiging, van bovenstaande beweringen op. Ook dat de kennis van DNA zou leiden tot de ‘stamstruiken’ wordt [m.i.] geenszins bevestigt door enige wetenschappelijke literatuur (althans ik heb niets kunnen vinden).

Uiteraard bestaat de term polyfyletisch wel, maar deze wordt in de praktijk niet vaak gebruikt, omdat het [m.i.] geen voorspellende waarde oplevert i.t.t. monofyletische indeling (http://archive.bsbi.org.uk/Wats28p103.pdf). Polyfyletisch wordt wel gebruikt voor hybrides binnen de botanie, maar dat is [naar mijn mening] op geen enkele wijze relevant voor de strekking van bovenstaand artikel.

Reply
Hetty Dolman

“Het opstellen van een algemeen erkende stamboom der soorten is mislukt.”

In mijn optiek is dat prima gelukt. Het misverstand zit hem in de horizontale genoverdracht, die in het primitieve leven wat chaos veroorzaakt, maar verder geen invloed heeft op de stamboom van het leven. (…) Naturalis [is een leuk museum om] langs te gaan. Zie: http://www.kennislink.nl/publicaties/stamboom-van-het-leven-verliest-tak En: http://www.kennislink.nl/activiteiten/oerparade Onder het kopje stamboom.

Reply
peter b

Jente, je studie baseert op puntmutaties in gemeenschappelijke genen. Het toont dus geen evolutie, maar juist genetische stasis. Een evolutionaire studie zou erop gericht zijn genetische verschillen te ontdekken m.b.t. de genetisch inhoud van de verschillende genomen die je hebt bestudeerd. Je zou bijvoorbeeld een whole genome sequencing project kunnen initieren en je focussen op de echte inhoudelijke verschillen, i.p.v. op een handvol puntmutaties. Ik weet zeker dat je tot veel betere inzichten zou komen mbt speciatie en soortenvorming, en dat je een polyfyletische oorsprong gaat vinden. [Het uitgangspunt van] deze studies zijn erop gericht om een universele boom te vinden. Dat is [m.i.] de bias van het Darwinistische systeem waar [men] in gevangen zit. De programmas die je gebruikt vinden deze boom omdat het van tevoren vaststaat. Het is voorgeprogrammeerd. Je kunt] je op de genetische inhoud (de genen) [richten en] niet op puntmutaties in een of enkele sequenties. Je zult ontdekken dat de verschillen worden veroorzaakt door genen, met name door ncRNA genen. Precies zoals ik aangaf in [Terug naar de Oorsprong].

[Hetty,] Naturalis (…) [heeft als uitgangspunt]: Darwinistische universele gemeenschappelijke afstamming. In de moleculaire genetica weten [we m.i.] hoe de programmas werken om stambomen op te sporen. [We] weten dat er een gapende genetische kloven bestaan, die de soorten van elkaar scheiden. Wat je te zien krijgt is cytochroom-C mutaties, of mutaties in gemeenschappelijke mtDNA genen. [Maar] als je full genetic screens maakt, zoals ik dat soms doe, dan zie je de gapende informatiekloven en die tonen geen evolutie. [Helaas] tonen ze je dit niet in Naturalis. (…)

Peter

“Ondanks intensief onderzoek werd tot op heden geen enkele serie fossielen gevonden die met de ongewervelden begint en via vissen, amfibieën en reptielen naar de zoogdieren loopt”. Het boek dat dit [beweert] (…) is niet op internet te raadplegen. De bewering kan [daarmee] niet gestaafd worden. Voor fossielen die de ongewervelden verbinden met de gewervelden, en de hele reeks van Yunnanozoon tot zoogdier. [Zie] paleontologieleerboek […?…] Voor een [ander] leesbaar boek zie: Jelle Reumer, 2013. De vis die aan land kroop. Historische Uitgeverij. ISBN 978-90-6554-039-3

@ Jente:
Horizontale genoverdracht mag dan voorkomen invloed hebben op de stamboom van het leven, de grote lijnen van de stamboom blijven er wel. Je werk levert [naar mijn mening] geen onderbouwing van de post als ‘stelling tegen evolutie’.

Reply
Alfred

@Peter:
Met betrekking op de horizontale genoverdracht, laat het artikel van Jente niet zien [dat] juist het proces mogelijk nog complexer is dan wij dachten? En dat je dus ‘bush’-achtige structuren krijgt in de ‘tree’. Het grote verschil met het 95 stellingen artikel is dat zij naar mijn mening bepaalde wetenschappelijke ontdekkingen verkeerd interpreteren en daarmee impliceren dat baraminologie een wetenschappelijk fundament heeft.

Peter

@Alfred
De bo[o]mstructuur overheerst ook in het voorbeeld van Jente. Dit is [m.i.] niet duidelijk in zijn plaatje te zien, omdat de buitengroep Galloanserae niet in de studie opgenomen is.

@Peter Borger
[M.i.] weten we uit de moleculaire genetica dat er een universele stamboom bestaat. Dat is de waarneming. Zie bijvoorbeeld: Hinchliff et al., 2015. Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life, PNAS 112: 12764-12769, en Spang et al, 2015. Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes, Nature 521: 173-179

peter b

We weten [m.i.] uit de moleculaire genetica dat er geen universele stamboom bestaat. Dat zijn de waarnemingen. Dat er zo’n boom zou bestaan is een voorspelling vanuit NeoDarwinistische filosofie, maar die voorspelling blijkt [m.i.] onjuist. Hoe meer genetische analyses we uitvoeren, des te duidelijker wordt dit.

Universele gemeenschappelijke afstamming is [naar mijn mening] weerlegd en de biologie heeft derhalve een polyfyletisch oorsprong. Ik schreef dit reeds in mijn boek, in 2009, want toen was dit ook al duidelijk. Darwinisten [verkondigen m.i. echter] nog steeds de orthodoxie van dit geloofssysteem.

Alfred, hoeveel literatuur wil je hebben? Ik gaf in 2009 een samenvatting van de stamboomweerleggende data in mijn boek [Terug naar de oorsprong]. De New Scientist publiceerde er reeds over in 2008. Ondertussen is er veel nieuw materiaal voor een update. Het staat er [naar mijn mening] veel slechter voor dan in 2009, en universele gemeenschappelijke afstamming kunnen we met een gerust hart afstand van nemen. Er bestaat [m.i.] geen monofylie, de biologie is polyfyletisch.

Mens en chimp verschillen niet slechts m.b.t. puntmutaties in gemeenschappelijke genen (de bekende 1 % verschil), maar ze verschillen qua genetische inhoud met duizenden genen (bio-informatie). Dat gaat richting de 10-15% verschil. Dat heb ik hier al eens besproken en ik heb er een artikel over geschreven.

Reply
Ed Vaessen

“Het opstellen van een algemeen erkende stamboom der soorten is mislukt.”

In hoeverre is dat mislukt?

Reply
Alfred

Naar mijn idee bevestigen zowel waarnemingen als de moleculaire genetica een ‘common descent’ (http://www.sciencemag.org/news/2015/09/first-comprehensive-tree-life-shows-how-related-you-are-millions-species en http://www.nature.com/scitable/topic/evolutionary-genetics-13).

Naar mijn idee is ‘common descent’ dus niet weerlegd, integendeel. Kritiek op uw werk van o.m. Bart Klink en René Fransen laten voor mij duidelijk zien dat het beeld dat u schetst van o.m. de moleculaire biologie, niet geheel in overeenstemming is met de actuele stand van de wetenschap. [Het is voor mij] niet [zo] dat na een falsificatie van de evolutietheorie, jonge aarde creationisme de nieuwe theorie zou zijn. Dat lijkt me een valse dichotomie.

Reply
peter b

Alfred,
Het is [naar mijn mening] precies andersom. Het beeld dat er geschets werd/wordt door Klink en Fransen (…) is het standaard beeld dat men op basis van een selectie van biologische gegevens heeft verspreid. Als je alle biologische data erbij pakt, d.w.z. complete genomische vergelijkingen uitvoert, zoals ik die publiceerde in de wetenschappelijke literatuur, dan zien we een heel ander plaatje. Dit komt [m.i.] omdat de data van de evolutionisten eerst door een filter gaan, waarbij alle unieke DNA sequenties worden verwijderd. Bij mens en chimp vergelijkingen is het nog erger, daarbij worden namelijk alle sequenties weggelaten die minder dan 95% overeenstemmen.

En zelfs met zulke filters krijg je geen unieke stamboom, maar leveren de verschillende genen verschillende stambomen. Dit is een welbekend feit onder de goed-geinformeerde evolutiebiologen. De [software bevat een] source code (met de ingebouwde filters). De grote genoomprojecten, die niet door deze software werden gebiased, tonen [aan] dat er geen stamboom bestaat, maar vele stamstruiken. En enorm veel unieke genen die de soorten van alkaar scheiden. Mens en chimp zijn op informatieniveau minimaal 10-15% verschillend. Dat schreef ik in 2009 en is nu [m.i.] bevestigd [in de wetenschappelijke literatuur]:

In 2015: De «Katalogue of HARs» bevat 2700 HARs (Pollard K, BioEssays 2015)
In 2015: De mens heeft 634 unieke eiwitcoderende genen, de chimp 780. Ruiz-Orera J, et al. (2015); PLoS Genet 11(12): e1005721. doi:10.1371/journal.pgen.1005721
In 2016: De mens bezit 800 non-coding RNA genen (http://mirnablog.com/how-many-unique-mature-human-mirnas-are-there/)

Deze informatiekloof is [naar mijn mening] onverklaarbaar binnen het Darwinsitische bestel [en daarom] Klink en Fransen zitten er [m.i.] volkomen naast. Deze data zijn echter wel geheel conform een polyfyletische oorsprong van de biologie, zoals creation scientists dat voorstaan.

Jente

@Peter B. en @Peter jullie hebben mijn studie in The Auk blijkbaar niet goed begrepen. Ik geef aan dat de boomstructuur zeker zichtbaar is tijdens de evolutie van de vogels. Maar wanneer je hybridisatie en incomplete lineage sorting mee in rekening brengt dan zie dat er heel wat struiken ontstaan binnen deze boomstructuur. Daarom lijkt het mij aangewezen om meer netwerk analyses te doen in het fylogenetische onderzoek. De universele boom van het leven blijft [daarmee] nog steeds overeind.

@Peter B. Mijn studie naar ganzen (gepubliceerd in Molecular Phylogenetics and Evolution) is gebaseerd op whole genome sequences. Jouw kritiek i.v.m. puntmutaties is [m.i.] dus irrelevant.

Reply
peter b

“…wanneer je hybridisatie en incomplete lineage sorting mee in rekening brengt dan zie dat er heel wat struiken ontstaan binnen deze boomstructuur.”

Incomplete lineage sorting zien we [m.i.] overal en het betekent dat er geen sprake kan zijn van universele gemeenschappelijke afstamming. Het is dus inderdaad geen boom maar een bos onafhankelijk evoluerende schepselen. Dat is [wat mij betreft] de beste conclusie als je alle data beschouwd. En waarom zou je dat niet doen? Ik schreef dit al in 2009, en had het al gezien in 2004.

Jouw studie naar ganzen is inderdaad een interessante studie. Heb je ook iets te zeggen over indels en TEs, ncRNA genen? Verder zegt zo’n studie [m.i.] niets over Evolutie, maar over genetische variatie binnen het ganzenbaranoom. En dat ganzen allemaal een (of wellicht enkele) voorouders hebben [maar] dat is ook het uitgangspunt van de creation scientist.

peter b

Een goede weerlegging van het stamboomidee van de Darwinsten is [m.i.] organen om licht mee te detecteren, ogen. Er zijn minimaal 40 verschillende onafhankelijk bouwplannen voor ogen, die evolutionist[isch] gezien niet op elkaar te herleiden zijn. Volgens de evo[lutionisten] zijn het onafhankelijke evoluties en ze vormen geen stamboomstructuur. Onafhankelijke evoluties vormen stamstruiken en stambosjes. Het feit dat [het] onafhankelijk evolutie moet voorstellen is niet gebaseerd op science, of op waargenomen evolutie, maar [m.i.] op de discordantie van wetenschappelijke gegevens. We vinden dit niet alleen voor ogen, maar ook voor andere eigenschappen, organen [en] genen. Het toont de polyfylie des levens. En daarmee is “frontloaded evolution” [naar mijn mening] het enige evolutie alternatief geworden want dan kun je gebruik maken van informatie-verlies. Schepping of frontloaded evolution. Verder zijn er [m.i.] geen mogelijkheden. Ik begrijp werkelijk niet dat evo[lutionistische] wetenschappers niet gewoon kunnen zeggen: de data duiden op een polyfyletische oorsprong van de biologie. [Nu wordt er m.i. in] alle[rlei] bochten gewrongen om [het] Darwinisme te kunnen blijven [handhaven].

Bart Klink

Peter Borger het [gaat] om het patroon van gedeelde en uniek eigenschappen dat wijst op gemeenschappelijke afstamming. Dit heb ik [ook] uit[ge]leg[d in] mijn recensie van zijn boek op mijn site (…).

Daarnaast weten we ondertussen dat de genoombiologie complexer is dan aanvankelijk werd gedacht, en dat er zeker aan de stam van de fylogenetisch boom een hoop genetische uitwisseling is. Evolutiebiologen zijn zich hier goed van bewust en houden daar rekening mee in hun analyses. Zo werkt wetenschap. Wetenschappelijke ontwikkelingen laten vaak genoeg zien dat zaken complexer en genuanceerder blijken dan aanvankelijk gedacht, maar dat wil niet zeggen dat alle voorgaande kennis onjuist is. In mijn eigen vakgebied zien we bijvoorbeeld steeds meer dat spieren in het lichaam niet geheel los van elkaar werken, maar door bindweefselverbindingen (anders dan pezen) elkaar beïnvloeden. Dat wil evenwel niet zeggen dat onze eeuwenoude anatomische kennis nu de deur uit kan. Het blijkt alleen complexer dan we aanvankelijk dachten.

@Peter, welke “complete genomische vergelijkingen” heb jij uitgevoerd en waar heb je dat gepubliceerd?

Reply
peter b

Klink zegt “Peter Borger het [gaat] om het patroon van gedeelde en uniek eigenschappen dat wijst op gemeenschappelijke afstamming. Dit heb ik [ook] uit[ge]leg[d in] mijn recensie van zijn boek op mijn site (…).”

Zo’n patroon, als het echt en objectief zou bestaan, heeft [m.i. niet] met gemeenschappelijke afstamming te maken. Dat het gemeenschappelijke afstamming zou tonen is [wat mij betreft] een interpretatie gebaseerd op een aantal foutieve aannames m.b.t. genetica en mutatie. Als we het geheel aan moleculair genetische data dat we hebben verzameld in de loop van de afgelopen 50 jaar beschouwen, dan laten die [naar mijn mening] geen universele gemeenschappelijke afstamming toe.

Een bijkomstig probleem is dat het concept van de Darwinsten niet wetenschappelijk kan worden getoetst. Namelijk: Alle eigenschappen die organismen met elkaar gemeen hebben bewijzen gemeenschappelijke afstamming, terwijl alle unieke eigenschappen, die gemeenschappelijke afstamming dus eigenlijk gewoom weerleggen, bewijzen evolutie, namelijk de selecteerbare modificaties E (NS) = CD + M is niet te falsificeren (…).

Peter

@ Peter B
“Als je alle biologische data erbij pakt, d.w.z. complete genomische vergelijkingen uitvoert, zoals ik die publiceerde in de wetenschappelijke literatuur, dan zien we een heel ander plaatje.” Over welke publicatie gaat dit?

“En zelfs met zulke filters krijg je geen unieke stamboom, maar leveren de verschillende genen verschillende stambomen.” (…) [Heb je een] verwijzing naar de literatuur. In de wetenschappelijke literatuur zijn monofyletische stambomen uitvoerig gedocumenteerd, op allerlei beesten en met allerlei genetisch materiaal.

Nog wat documentatie:
Venkatesh et al, 2014. Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution Nature 505: 174-179
Tarver et al, 2016. The Interrelationships of Placental Mammals and the Limits of Phylogenetic Inference. Genome Biology and Evolution 8:330–344. De publicatie van Tarver et al 2016 geeft aan dat dezelfde stamboom gevonden wordt op grond van voor eiwit coderende genen en premiRNA genen. Een dergelijke vergelijking van onafhankelijk materiaal met dezelde uitkomsten is [m.i.] heel sterk. In tegenstelling tot de beweringen van Peter Borger, is macro-evolutie [naar mijn mening] rotsvast gefundeerd in de moleculaire genetica.

Reply
peter b

Inderdaad, Peter, als je [m.i.] alle unieke DNA data weglaat, sequenties dus die de organismen niet gemeenschappelijk hebben, dan kom je inderdaad tot een bevestiging van wat de evolutionisten beweren: universele gemeenschappelijke afstamming en monophyly.

Als je alle genetische data includeert dan zie je dat er geen monofyly bestaat en geen universele gemeenschappelijke afstamming. [Zie de] publicaties [die ik in mijn vorige reacties] gelinkt [heb] die dat aantonen. Als je de genomen van de gigavirusen analyseert dan is het grootste deel van de genetische informatie uniek (ORFan genes) en er is [dan m.i.] helemaal geen evolutie meer aantoonbaar. Het is maar net welke data je includeert en aan de mensen toont. Evolutie met universele gemeenschappelijke afstamming bestaat [naar mijn mening] slechts bij de gratie van het informatiefilter van de Darwinsten. (…) [Het is m.i. daarom] zinloos onderzoek. Lees ook mijn boek [Terug naar de oorsprong].

peter b

Hier : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26863634

En hier: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26148798

Twee sncRNAseq en CAGE studies die de complete genomen van twee groepen organismen met elkaar vergelijkingen, die ik initieerde, leidde en publiceerde in vooraanstaande wetenschappelijke tijdschriften. Ik weet daarom precies hoe de programmatuur werkt, wat er gemasked wordt en hoe de filters werken. Alle data die een “fout” Darwinsitisch signaal zouden kunnen geven (unieke informatie) worden a priori verwijderd.

“De publicatie van Tarver (…) in de moleculaire genetica.”

Ook hierbij gaat het [m.i.] om een selectie van data. In de publicatie van Tarver et al. laten ze alle unieke microRNAs weg uit hun vergelijkingen. Hetzelfde geldt voor eiwitcoderende genen. [Het is wat mij betreft dan] geen wonder dat je dan universele gemeenschappelijke afstamming concludeert. (…) Is het niet verwonderlijk dat alle organisme precies dezelfde genen met hier en daar een puntmutaties hebben? Natuurlijke hebben verschillende organismen verschillende genen. Maar die worden weggelaten in evol[utionistische] vergelijkingen. Zoals ik [hier] heb gelinkt zijn er duizenden unieke genen, zowel eiwitcoderende als ncRNA gene, die worden geëxcludeerd. Het hele evo[lutie]concept is [m.i.] daarmee niet meer falsificeerbaar. Sterker nog, er wordt [hierdoor] geen enkele poging gedaan tot falsificatie, maar er wordt puur verificatie uitgevoerd, juist omdat alle potentiele data, d.w.z. duizenden genen, die de falsifactie tonen worden a priori uitgesloten. Ook hier in deze studies. (…)

Peter

Peter B zegt:
“Ook hierbij gaat het [m.i.] om een selectie van data. In de publicatie van Tarver et al. laten ze alle unieke microRNAs weg uit hun vergelijkingen.”

1 [Kun] je [ver]duidelijk[en wat je hiermee] denkt te kunnen zeggen? 2 Wat is je probleem hiermee?

Peter

Peter B
(…) Zou je [d]e bewering “Als je alle genetische data includeert dan zie je dat er geen monofyly bestaat en geen universele gemeenschappelijke afstamming.” kunnen documenteren? Er zijn [naar mijn mening] geen “publicaties [die ik in mijn vorige reacties] gelinkt [heb]”. (…) Waarom [geef] je [g]een commentaar op een degelijke studie van Tarver et al, 2016. The Interrelationships of Placental Mammals and the Limits of Phylogenetic Inference. Genome Biology and Evolution 8:330–344? [Anders blijven h]et [m.i.] algemene opmerkingen zonder die ergens op te baseren.

Reply
peter b

Peter, zoals gezegd, gaat het om een selectie van data. Alle studies die universele gemeenschappelijke afstamming aantonen gaan door een filter, waarbij alle data die deze conclusie zouden kunnen verwerpen [m.i.] a priori worden verwijderd. Bij mens-chimp vergelijkingen is de filter cut-off 96% procent. D.w.z. alle sequenties die meer dan 4% verschillen worden weggelaten. Als je deze zou includeren, in dit geval duizenden genen, dan wordt [wat mij betreft] gemeenschappelijke afstamming van deze organismen weerlegd. Hetzelfde geldt voor alle andere studies die erop gericht zijn om gemeenschappelijke afstamming te bewijzen.

Ik ging wel in op de studie van Tarver [et al.], want ik zei dat deze studie ook is gebaseerd op een dataselectie. Namelijk alle unieke sequenties werden a priori verwijderd. Het verschil tussen de organsmen die door Tarver [et al.] werden bestudeerd is op DNA nivo minimaal 20-25% voor niet-voor-eiwitten-coderende sequenties. Veel daarvan zijn unieke microRNA- en ander non-protein-coding genen. Als je zo te werk gaat, dan kom je [naar mijn mening] altijd uit op universele gemeenschappelijke afstamming, want je verwijdert alle signalen die de hypothese kunnen weerleggen. Dat lijkt mij duidelijk. De methoden van de evolutionisten zijn [daarmee m.i.] ge-biased en extreem in het voordeel van wat men wil waarnemen, namelijk universele gemeenschappelijke afstamming. Vandaar dat ik deze Darwinistische benadering niet [erg] wetenschap[pelijk vindt]. De echte wetenschappelijke data toont polyfylie.

De theorie [wordt hiermee] niet falsificeerbaar, omdat zowel gemeenschappelijke als unieke eigenschappen de theorie bewijzen: Een DNA sequentie die in beide organismen voorkomt bewijst gemeenschappelijke afstamming, terwijl elke unieke sequentie (die dus gemeenschappelijke afstamming weerlegt) evolutie bewijst. M.a.w. er is geen waarneming die er niet in past. [Naar mijn mening hebben we] niets aan zo’n theorie, omdat het alles verklaart, en daarom dus niets verklaart.

Reply
Peter

“Ik ging wel in op de studie van Tarver [et al.], want ik zei dat deze studie ook is gebaseerd op een dataselectie. Namelijk alle unieke sequenties werden a priori verwijderd.”

[Heb je een] onderbouwing [bij deze] bewering(…).

” … elke unieke sequentie (die dus gemeenschappelijke afstamming weerlegt)”

[En hierbij?] (…)

Bart Klink

Peter Borger, de publicaties die je aanhaalt gaan [m.i.] helemaal niet over moleculaire evolutie. Als je meent dat jouw onderzoeksresultaten iets over moleculaire evolutie zeggen, dan moet je daarover publiceren in de peerreviewd literatuur.

Verder blijf je stellen dat unieke informatie “a priori wordt verwijderd” omdat die “Darwinistisch fout” zou zijn. Hoe kom je daar bij? Fylogenetische bomen worden opgesteld aan de hand van het patroon van gedeelde en unieke informatie. Dat is het signaal. De ruis wordt veroorzaakt door homoplasie. Het probleem signaal van ruis te onderscheiden heb je in veel wetenschappen. Dat is [naar mijn mening] geen onoverkomelijk probleem als je goede methoden hebt om signaal van ruis te onderscheiden, en die hebben evolutiebiologen, al is zo’n methode nooit perfect.

Reply
peter b

Bart K[link], hoe kom je erbij dat ik beweer dat mijn artikelen over moleculaire evolutie gaan? Ik gebruik echter dezelfde programmatuur, zoals filters en repeatmasker. Ik weet dus preceis waarover ik spreek. De data van de molecualire evolutionist gaan door een filter. Vroeger zetten ze [dit] er nog bij in de methode sectie, maar dat doen de meesten tegenwoordig ook al niet meer (omdat iedereen het weet). Op de keper beschouwd gaat het [m.i. overigens] wel over moleculaire evolutie, want mutaties in DNA is evolutie.

Bij de chimp-mens vergelijkingen heb ik dit uitvoerig uitgezocht en beschreven. De sequencies worden eerst geprescreend. Alle sequenties die niet a priori 95% (sommige studies hebben een nog stringenter filter, nl. bij 96%) gelijk zijn, worden weggelaten. Alle unieke DNA sequenties vallen zo buiten de boot. Geen wonder dat de genen van mensen 99% gelijk met die van de chimp, want het betreft alleen die genen die men heeft geprescreend. Al je ook nog eens alle puntmutaties weg zou filteren, zouden de genen van mens en chimp identiek zijn (schreef ik in mijn boek [Terug naar de oorsprong]). De moleculaire evol[utiebiologen] zouden dan bewijzen dat mens een chimp is (of de chimp een mens). Dit is [m.i. een] soort hypothesebevestigend onderzoek.

Bart Klink

Peter Borger, in je reactie van 4 augustus ging het om of de moleculaire genetica gemeenschappelijke afstamming wel of niet bevestigt. Jij beweerde dat dat niet zo was [en schreef]: “we zien een heel ander plaatje” (dan gemeenschappelijke afstamming) als je “complete genomische vergelijkingen uitvoert, zoals ik die publiceerde in de wetenschappelijke literatuur”. Dit volgt [m.i.] echter helemaal niet uit jouw gepubliceerde artikelen, want ze gaan niet over gemeenschappelijke afstamming!

Dat de data van evolutiebiologen door filters gaan, is niet zo gek: de data van vrijwel elke wetenschapper gaan door een filter! De vraag is of het filter doet wat het moet doen: signaal van ruis onderscheiden. Als je meent dat gebruikte filters onterecht signaal wegfilteren, moet je [naar mijn mening de] discussie aangaan met vakgenoten in de literatuur, zoals gebruikelijk is in dit soort kwesties. Op een creationistisch forum wat [schrijven] hierover is [m.i.] voor niemand controleerbaar.

Reply
peter b

Bart Klink, ik bestudeerde de “evolutie van asthma”. Mutaties en genetische expressie-verschillen. Op basis hiervan kan ik asthma van niet asthma onderscheiden. Asthmatici en non-asthmatici vormen verschillende clades. In mijn papers toonde ik d[i]e (fylogenetische) cladogrammen .

(…) In 2010 besprak ik, met jou en Tomaso, op mijn weblog in 2010 dat het signaal wordt weg gefilterd. Destijds k[o]n men vaak in de methods-sectie lezen welke cut-off werd genomen, maar dat gebeurt nu ook niet meer. Het is gemeengoed geworden en iedereen weet het van elkaar. Het is [m.i.] de enige “methode” gemeenschappelijk afstamming chimp-mens te waarborgen. Neemt men alle data, inclusief alle unieke DNA sequenties, dan wordt de nul hypothese (nl. mens en chimp hebben geen voorouder gemeen) [m.i.] bevestigd. [Maar] dat kan natuurlijk niet [b]in[nen het evolutionistische paradigma.] (…)

Ed Vaessen

Peter B.
“(…) In 2010 besprak ik, met jou en Tomaso, op mijn weblog in 2010 dat het signaal wordt weg gefilterd.”

Besprak je het ook met je wetenschappelijke vakbroeders?

Reply
Bart Klink

Peter Borger, ik kan me niet (meer) herinneren dat we het over technische details van filters gehad hebben. Ik weet daar ook te weinig van. Nogmaals: als je meent dat gebruikte filters onterecht signaal wegfilteren in plaats van ruis, moet je [m.i.] discussie aangaan met vakgenoten in de literatuur, zoals gebruikelijk is in dit soort kwesties. Op een [website] als dit of je voormalige blog kun je [naar mijn mening] van alles schrijven.

Reply
Peter

Peter B zegt op augustus 16th, 2016:
“Asthmatici en non-asthmatici vormen verschillende clades. In mijn papers toonde ik d[i]e (fylogenetische) cladogrammen”

Hier maakt Peter B twee fouten. Ten eerste is het begrip ‘clade’ verkeerd gebruikt en ten tweede zijn er in de artikelen die hij noemde geen cladogrammen en ook geen fylogenetische bomen. ‘Clade’ wordt gebruikt voor een groep organismen die bestaat uit een gemeenschappelijke voorouder en al diens nakomenlingen. [Zie hiervoor de] beste wiki[pagina geschreven] in het Duits): https://de.wikipedia.org/wiki/Klade “Eine Klade (englisch clade, von altgriechisch κλάδος, klados, „Zweig“), auch Monophylum, monophyletische Gruppe oder geschlossene Abstammungsgemeinschaft, ist in der Biologie eine systematische Einheit, die einen gemeinsamen Vorfahren und alle seine Nachfahren enthält”

In de twee artikelen die Peter B op 9 augustus noemt zijn er 8 astmatische en 6 niet-astmatische proefpersonen. Verder weten we niets van de proefpersonen. Om een ‘clade’ te zijn zou er in de studie één familie moeten zijn met 8 personen met asthma en een andere familie met 6 personen zonder asthma. Ik vermoed niet dat dit het geval is. Bij een cladogram wordt gebruikt gemaakt van kenmerken waarvan men weet of ze oorspronkelijk of afgeleid zijn. Dat weet men hier niet, zodat er geen sprake is van een cladogram. Bij een fylogenetische boom besluit men of een kenmerk afgeleid is of niet op grond van de indeling die gemaakt wordt met maximum parsimonie of iets dergelijks; dat gebeurt hier niet. In de artikelen waar Peter B naar verwijst is gebruik gemaakt van hiërarchische clustering; er is geen fylogenetische boom, maar een clusterdiagram – [dat is] toch iets anders. Er zijn twee clusters, asthma vs niet-asthma (met een uitzondering in JACI).

Reply

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Verplichte velden zijn gemarkeerd met *

 tekens over