Wat is een afhankelijkheidsgrafiek?

by Cornelius Hunter | jan 2, 2019 | Biologie, Informatica, Wiskunde

Een recent artikel,¹ geschreven door Winston Ewert, gebruikt een afhankelijkheidsgrafiek om de relaties tussen de soorten te modelleren. Dit idee is geïnspireerd door de computerwetenschap die veel gebruik maakt van afhankelijkheidsgrafieken.

Gecompliceerde softwaretoepassingen maken doorgaans gebruik van een groot aantal softwareroutines op een ‘lower level’. Deze routines zijn ontwikkeld, getest en opgeslagen in modules voor gebruik in applicaties op een hoger niveau. Wanneer dit gebeurt, erft de applicatie de software van lager niveau en wordt afhankelijk van die module.

Zulke applicaties zijn geschreven in voor mensen leesbare talen, zoals Java. Ze moeten daarna in machinetaal worden vertaald. De compiler voert de vertaling uit en de compiler assembleert het resultaat, samen met de lager-niveau routines, tot een uitvoerbaar programma. Deze programma’s gebruiken afhankelijkheidsgrafieken om de software te modelleren, dat is een ontwerpdiagram of blauwdruk, die de afhankelijkheden toont, de benodigde diverse softwaremodules specificeert en hoe ze met elkaar verbonden zijn.

Afhankelijkheidsgrafieken helpen ook bij het ontwerpen van software. Omdat ze een blauwdruk bieden voor de softwarearchitectuur, zijn ze nuttig bij het ontwerpen van ontkoppelde architecturen en het bevorderen van hergebruik van software. Afhankelijkheidsgrafieken worden ook gebruikt door zogenaamde ‘DevOps’-teams om te helpen tijdens de implementatie bij het bepalen en in volgorde installeren van de juiste modules.

Wat Ewert heeft aangetoond is, dat net zo als bij computerapplicaties die software van een andere serie lower-level modules bezitten, en die lager-niveau modules in een gevarieerde serie toepassingen gebruikt, ook biologische genomen dergelijke patronen vertonen.
Genomen kunnen moleculaire sequentie-informatie hebben van een breed scala aan genetische modules, en genetische modules kunnen weer in een andere serie genomen worden gebruikt.

Oppervlakkig en op afstand gezien kan dit lijken op de traditionele evolutionaire boom. Maar dat model heeft herhaaldelijk gefaald toen wetenschappers de eigenschappen van soorten nauwkeuriger bestudeerden. Afhankelijkheidsgrafieken daarentegen bieden een beter model van de relaties tussen de soorten en de genetische informatiestroom.²

Dit artikel is met toestemming overgenomen van de website Darwin’s God. Het originele artikel is hier te vinden.