Nog een keer over pseudogenen en junk-DNA

Recent publiceerde ik in het Reformatorisch Dagblad een stuk over pseudogenen en Junk DNA.¹ Het was naar aanleiding van een opiniestuk over hetzelfde thema in Nature Reviews Genetics.² Verschillende sceptici reageerden verontwaardigd. Ik zou ‘bepaalde conclusies verdraaien zodat het in mijn winkel past’. Hieronder wil ik daar kort op reageren.

Van de sceptici kan hetzelfde gezegd worden. Ze accepteren blijkbaar alleen opinies en daarop gebaseerde conclusies als die met hun eigen opinie en conclusies overeenkomen. Conclusies gebaseerd op opinies hebben niets met wetenschap te maken. Het zijn geen data, maar opinies. Ook al werden ze in Nature Reviews Genetics gepubliceerd. Ik zet mijn op eigen data gesteunde opinie daartegenover en die is minstens zo krachtig.³

Mijn opinie baseert zich op wetenschappelijke gegevens en die zijn duidelijk: Afhankelijk van welke database je raadpleegt zijn er tussen de 10 en 69 duizend nieuwe genen in het genoom ontdekt. Er zijn namelijk niet alleen genen voor eiwitten (ongeveer 21 duizend in het genoom van de mens), maar er zijn minstens net zoveel genen voor regulerende RNAs (tussen 10-69 duizend). De sceptici moeten inzien dat het oude tijdperk van de biologie baseerde op ideeën uitgaande van prokaryoten. Prokaryoten zijn protein-computers met protein-output. Men is er altijd stilzwijgend vanuit gegaan dat ook de eukaryoten zo zouden werken. Sinds ongeveer 20 jaar vinden we uit dat de eukaryote cell kwalitatief verschilt: het is een RNA-computer met eiwit-output. De regulator-RNA-genen werden voorheen als pseudogenen gezien, maar dat zijn ze dus niet. Ervan uitgaan dat iets geen functie heeft, is anti-wetenschap, pseudowetenschappelijk. Je kunt niet eens wetenschappelijk onderzoeken of vaststellen dat iets geen functie heeft. Hoe doe je dat überhaupt: vaststellen dat iets geen functie heeft? Het is NUL-onderzoek.

Mijn eigen onderzoeken en die van mijn collega’s in Nature Reviews Genetics, tonen juist aan dat hoe meer we ze onderzoeken hoe meer functies we vinden. Voor atheïsten is dit vernietigend, want hoe meer functioneel DNA hoe onwaarschijnlijker evolutie. Het Darwinistische idee is ‘boring to the bone’ en steeds opnieuw een science-stopper. Het is zinloos en tijdverspilling om er in deze tijd van de nieuwe biologie nog serieus naar te kijken. Waarom bestaat Darwinisme nog, zo kun je jezelf afvragen, nadat het op alle terreinen van de biologie werd weerlegd? Toch is elke theorie die alle informatie in de biologie reduceert tot ‘geselecteerde orde’ Darwinistisch. Want evolutie door selectie is Darwinisme. Er is verder geen enkele theorie die op naturalistische wijze een informatietoename zou kunnen verklaren en dus hebben we ook nu nog steeds gewoon te maken met Darwinisme. Evolutietheorie is sinds Darwin nooit verder geëvolueerd. Het wordt gepropageerd door mensen die hun geloof (d.w.z. atheïsme en sommige christelijke epigonisten die serieus denken te worden genomen in de atheïstische academia) en wetenschap door elkaar halen. Darwinisme is echter geen wetenschap, maar filosofie. Het is tot geloof geworden.
Tussen de zinnen van het artikel in Nature Reviews Genetics door kun je lezen dat het pseudogenen- en ‘Junk DNA’-idee failliet is. De sceptici zouden dat moeten erkennen en meegaan in het onderzoeken en beschrijven van de functionaliteit van deze genen. Ze zouden beter de Darwinistische mindset kunnen laten varen en meewerken aan echt wetenschappelijk onderzoek.

Quote

De scepticus haalt deze quote aan uit het artikel:

“The purpose of this article is not to discard the pseudogene concept or to suggest that all pseudogenes are functional. The majority of currently annotated pseudogenes are neither robustly transcribed nor translated. Such regions fit well the original descriptions of pseudogenes as ‘similar, but defective’. Rather, we argue that their labelling as pseudogenes is not constructive for advancement of understanding of genome function and misdirects experimental design.”

Mijn reactie is dan dat zulke zinnen er meestal tussen ge-edit worden door de editors van Nature Reviews Genetics. Dit tijdschrift staat als zwaar conservatief Darwinistisch tijdschrift bekend. Ik denk dat het ingezonden manuscript voordat het werd ge-edit afsloot met “Taken together, we argue that their labelling as pseudogenes is not constructive for advancement of understanding of genome functions and misdirects experimental design”. Hadden de auteurs niet de verzachtende omstandigheden in de voorgaande zinnen gemeld dan zou het te obvious zijn geweest, dat het Darwinistische pseudogenenconcept een science stopper was – en nog steeds is. Let wel: het is een bekend feit dat de Darwinistische mindset (1) Mendels genetica 50 jaar heeft tegengehouden, (2) McClintocks transposons 40 jaar ontkende, en (3) het junk-DNA, inclusief het pseudogen, bedacht. Daardoor werd er opnieuw 40 jaar lang vrijwel geen onderzoek gedaan naar heel belangrijke genetische regulators, die we nu non-coding RNA-genen noemen. Er zijn ondertussen verschillen soorten ontdekt, van microRNA en piwiRNA tot lncRNA. Ikzelf ben rond 2006 begonnen het zogenoemde junk-DNA nader te bestuderen, zonder subsidies want die kreeg je destijds gewoon niet los. “Wie ging er nu junk-DNA bestuderen?” zo vroeg men zich af. Zo erg was de Darwin-mindset. Pas vanaf 2012 werden mijn studies gefinancierd, nadat mijn collega’s Faulkner en Carninci zonder meer aantoonden dat het functioneel was. En nadat ik zonder twijfel het belang ervan aangetoond had bij bepaalde longziekten. Als dezelfde criteria zouden worden ge-eist bij evolutieonderzoek (eerst bewijs, dan geld), dan zou het nooit worden gefinancierd.

Op het verkeerde been gezet?

Volgens een andere scepticus zou de inhoud van het artikel en mijn eigen toevoegingen en conclusies door elkaar lopen. Het gaat hier om een opinieartikel. Op basis van de opinies van drie collega’s van mij worden dan conclusies getrokken. Als vakgenoot hoef ik het niet eens te zijn met conclusies gebaseerd op opinies die in Nature Reviews Genetics worden afgedrukt. Omdat ik het spel al 25 jaar speel, weet ik precies met welke spelregels er wordt gespeeld. Mijn collega’s spelen de regels naar de mindset van het Darwinistische Nature Reviews Genetics en zo houden ze het failliete Darwinisme voor het oog nog een beetje drijvende. Zo houden zich aan de regels, want anders vliegen ze eruit. Een 25% functioneel genoom, zoals atheïst Dan Graur voorstaat is ook al het einde van evolutionisme. Genomen die voor meer dan 2% uit functionele sequenties bestaan kunnen alleen maar vervallen. Dat is een bewezen mathematisch feit.⁴

Woord pseudogen vervangen?

Een medestander vraagt zich af of we het woord pseudogen dan niet beter kunnen veranderen als ze gewoon een functie hebben. Het label pseudogen wordt hand over hand vervangen door het label non-coding DNA. Zelf vind ik het label non-coding DNA ook weer een mis-noemer, want het codeert immers wel degelijk: niet voor eiwitten weliswaar, maar voor regulator-RNA-moleculen. Van dit soort RNA moleculen hebben we ondertussen 20 verschillende soorten ontdekt, met alle regulerende functies (zie het figuur hieronder). Het eukaryotische genoom is werkelijk een RNA computer met eiwit-output. Nu het genoom grotendeels functioneel blijkt, is er geen basis meer om in Darwinisme te geloven. We kunnen met een gerust hart schepping omarmen.

Literatuur

• Borger, P., 2020, ‘Leugen-gen’ belemmert vooruitgang wetenschap, Reformatorisch Dagblad RD Maandag 49 (284): 4-5.
• Borger, P., Schmidtgall, B., 2020, Free Science from Dogma. or: How the “Pseudogene” Hampered Scientific Progress, American Journal of Biomedical Science & Research 8 (1): 57-58.
• Cheetham, S.W., Faulkner, G.J., Dinger, M.E., 2020, Overcoming challenges and dogmas to understand the functions of pseudogenes, Nature Reviews Genetics 21: 191-201.
• Kondrashov, A.S., 2017, Crumbling Genome. The impact of Deleterious Mutations on Humans (Hoboken: John Wiley & Sons).

Zie hier voor het originele artikel over pseudogenen.

1. Borger 2020. Dit artikel werd ook op onze website gepubliceerd: https://logos.nl/leugen-gen-belemmert-vooruitgang-wetenschap/.
2. Cheetham et al. 2020.
3. Borger en Schmidtgall 2020.
4. Kondrashov 2017.